在单位犯罪案件中，若被告单位在诉讼过程中注销或发生变更，处理方式需根据具体情况进行区分，具体如下：

1. 被告单位注销
   若被告单位在诉讼过程中被依法注销，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第三百四十四条的规定，诉讼程序应当继续进行，但需将单位原直接负责的主管人员和其他直接责任人员作为被告继续审理。此时，单位注销不影响案件的刑事责任追究，但单位本身不再作为诉讼主体，其刑事责任由相关自然人承担。若单位注销前存在财产清算或剩余财产，可能涉及罚金刑的执行问题，需结合清算程序和财产归属综合判断。

2. 被告单位变更（如合并、分立）
   若被告单位在诉讼过程中发生合并、分立等变更，根据《公司法》及相关司法解释，诉讼程序原则上继续进行，但需根据变更后的主体情况调整诉讼参与人：

   • 若单位合并，由合并后的新单位作为被告继续参与诉讼；
     
   • 若单位分立，需根据分立协议或法律规定确定责任承担主体。若分立协议明确约定原单位的刑事责任由分立后的某一方承担，则由该方作为被告；若未约定或约定不明，可能需将分立后的所有相关单位列为共同被告。
     变更后的单位需承担原单位的刑事责任，包括罚金刑的执行，但需以变更后的单位财产为限。

实务建议：

• 在诉讼过程中，若发现被告单位可能注销或变更，应及时向法院申请财产保全或证据保全，防止责任主体转移导致执行困难；
  
• 若单位注销或变更涉及虚假清算、逃避债务等情形，可依法追究相关责任人员的民事或刑事责任；
  
• 具体案件处理需结合单位性质（如有限责任公司、股份有限公司）、变更程序合法性及刑事责任认定等因素综合判断，建议结合具体案情进一步分析。

如有进一步疑问或需针对具体案件分析，可直接向我咨询。