当立案后被告公司注销，这确实会给诉讼程序带来一定的复杂性和挑战。不过，您不必过于担心，因为法律为此类情况提供了一定的解决途径。

首先，要明确的是，公司注销后，其主体资格即消灭，无法再作为诉讼的被告。但特定情况下，如公司注销是为了逃避债务，那么其股东、法定代表人等可能需要对公司债务承担连带清偿责任。在这种情况下，您可以向法院申请变更责任主体，将相关责任人员列为被告继续诉讼。同时，您需要提供充分的证据，证明公司注销与逃避债务的关联性。

具体来说，如果公司在立案后未经清算即办理注销登记，导致无法进行民事清偿，那么相关责任人员应当对原告的债权承担清偿责任。而如果公司在立案前已经依法进行了清算，且清算程序合法，那么公司主体即已消灭，原告的债权将无法通过公司本身获得清偿。此时，您可以依据清算报告等相关材料，向清算组成员等主张权利，要求其在清算范围内对债权承担责任。

另外，如果对方公司注销前存在未了结的法律纠纷，且注销程序存在违法或不当之处，比如未依法清算等，那么在某些情况下，其债权债务仍可能由相关主体承担，此时起诉是有效的。但如果公司按照法定程序进行了注销，且清算程序合法，那么一般情况下不能再以该公司为被告进行起诉。不过，若有证据证明股东存在出资不实、滥用公司法人独立地位和股东有限责任等情形，股东可能需要对公司的债务承担连带清偿责任，此时您可以起诉股东。

在处理此类问题时，建议您及时收集并整理所有与公司注销及案件相关的证据材料，包括公司注销的相关文件、立案时的材料、清算报告等。这些证据将有助于您在后续的法律程序中维护自己的合法权益。

总的来说，虽然立案后被告公司注销会给诉讼带来一定的困难，但您仍可以通过合法途径寻求救济。具体操作及法律后果需根据实际情况及相关法律规定来确定。如果您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请咨询专业律师以获取更详细的解答。