在国企中，同是机关科室负责人但工资差别很大，这一现象是否合法，需分情况讨论：
工资差别基于合法合理的因素：
- 法律依据：根据《劳动法》及相关规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬，但同时也允许企业根据自身经营状况、员工岗位性质、工作表现、技能水平、工作年限等多种因素，在合法合理的范围内制定不同的工资标准。
- 分析：如果国企中机关科室负责人的工资差别是基于上述合法合理的因素，如岗位责任大小、工作复杂程度、个人业绩贡献等，且这种差别在企业的工资制度中有明确规定，且该制度已经过民主程序制定并公示，那么这种工资差别是合法的。
工资差别基于非法或不合理的因素：
- 法律依据：同样根据《劳动法》及相关规定，用人单位不得以性别、民族、种族、宗教信仰等为由，对劳动者实行差别待遇。同时，工资差别也不得违反公平、公正的原则，不得存在歧视性或任意性的差别。
- 分析：如果国企中机关科室负责人的工资差别是基于非法或不合理的因素，如性别歧视、关系户、随意决定等，且这种差别没有合理的解释或依据，那么这种工资差别可能是违法的。在这种情况下，受影响的员工有权向企业提出异议，要求企业调整工资标准，或者向劳动监察部门投诉，寻求法律援助。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 了解企业工资制度：首先，您可以了解企业的工资制度，包括工资构成、工资调整机制、工资差别的原因等。这有助于您判断工资差别是否合法合理。
- 与企业沟通：如果您认为工资差别存在不合理之处，可以与企业的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达您的疑虑和诉求。在沟通过程中，保持冷静和理性，提供充分的证据和理由来支持您的观点。
- 寻求法律援助：如果与企业沟通无果，或者您认为企业的行为已经违反了相关法律法规，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者咨询专业律师（比如我）寻求法律援助。在寻求法律援助时，请准备好相关证据和材料，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，工资差别是否合法合理，需要根据具体情况进行判断。如果您对国企中的工资差别存在疑虑或不满，建议及时采取行动，了解相关法律法规和企业制度，维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。