在老板假冒注册商标的情况下，员工是否有罪需根据具体情况综合判断，核心在于员工是否明知商品为假冒注册商标，并实际参与了相关犯罪行为或提供了关键帮助。以下是对此问题的详细分析：
一、员工可能构成犯罪的情形
明知且参与核心业务：
- 如果员工明确知道老板从事的是假冒注册商标的违法犯罪活动，并且积极参与到核心业务中，如参与生产、销售、运输等关键环节，或者为假冒商标提供技术支持、资金帮助等实质性协助，且销售金额或违法所得达到法律规定的追诉标准，那么员工可能构成假冒注册商标罪或销售假冒注册商标的商品罪的共犯。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百一十三条（假冒注册商标罪）和第二百一十四条（销售假冒注册商标的商品罪）的相关规定，销售明知是假冒注册商标的商品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
为犯罪提供关键帮助：
- 即使员工没有直接参与假冒注册商标的生产或销售行为，但如果明知老板的犯罪意图，并为其提供了关键的帮助，如提供仓储场地、运输服务、技术支持等，也可能被视为共犯。
二、员工可能不构成犯罪的情形
确实不知情：
- 如果员工确实不知道所从事的工作涉及假冒注册商标违法活动，且从工作内容和工作环境中无法得知所生产或处理的产品涉及假冒商标，那么员工一般不构成犯罪。例如，员工仅负责简单、机械的劳动，未接触到与商标真伪有关的信息。
参与程度低且未达到立案标准：
- 即便员工知晓一些情况，但其参与程度较低，所涉假冒商标商品的数量、非法经营数额或者违法所得数额等未达到刑法及相关司法解释规定的立案标准，那么员工也不构成犯罪。但值得注意的是，员工仍应提高警惕，及时报告以避免涉及更严重的法律问题。
无非法利益获取：
- 员工在工作中并未从假冒注册商标商品的行为中获取非法利益，也是判断其无罪的一个重要因素。但这并非绝对，因为即使员工没有直接获取非法利益，但如果其明知并参与了犯罪行为，仍可能构成共犯。
三、法律建议与警示
- 提高法律意识：员工应了解并遵守相关法律法规，特别是商标法和刑法中关于假冒注册商标和销售假冒注册商标商品的规定。
- 及时报告与举报：如果员工发现所在公司或老板存在假冒注册商标商品的行为，应立即停止相关工作，并向有关部门报告或举报，以避免涉及更严重的法律问题。
- 保留证据：在可能涉及法律纠纷的情况下，员工应保留好相关证据，如工作记录、聊天记录等，以便在需要时证明自己的清白或协助调查。
综上所述，员工在老板假冒注册商标案件中的有罪与否，主要取决于其是否明知或应知所从事的活动为假冒商标行为，以及其在该活动中的具体参与程度和作用大小。如果你或你身边的人面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律指导和建议。