核心结论：月工资包含单休加班费的缺勤计算方式需根据劳动合同、公司规章制度以及缺勤性质综合判断，具体分为以下几种情况：

1. 劳动合同或规章制度明确约定缺勤扣减规则
   若劳动合同或公司规章制度中明确规定“月工资包含单休加班费，缺勤时按日工资标准扣减”，则计算方式为：

   • 日工资标准：月工资总额（含单休加班费）÷当月应出勤天数（含单休日）。
     
   • 扣减金额：缺勤天数×日工资标准。
     
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣减规则未超出此限制，则合法有效。
     

2. 劳动合同或规章制度未明确约定，但实际发放工资包含单休加班费
   若公司未明确约定缺勤扣减规则，但实际发放的月工资已包含单休加班费（即工资结构为“基本工资+单休加班费”），则缺勤时：

   • 单休日缺勤：应扣减对应单休日的加班费部分（即单休日工资=月单休加班费总额÷当月单休天数）。
     
   • 工作日缺勤：扣减当日基本工资（即日基本工资=月基本工资÷当月工作日天数）。
     
   • 风险提示：公司需证明工资结构中明确区分了基本工资与加班费，否则可能被认定为未足额支付加班费，需承担补发及赔偿风险。
     

3. 缺勤性质为法定休假或带薪休假
   若缺勤属于法定节假日、年休假、婚丧假等带薪休假情形，根据《劳动法》第五十一条，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资，不得扣减单休加班费或基本工资。

4. 公司违法安排单休导致加班费争议
   若公司未依法安排休息日（如每周工作7天），则单休日属于违法加班，劳动者有权要求公司支付200%的工资报酬。此时：

   • 缺勤扣减：公司无权以“缺勤”为由扣减已支付的违法加班费，否则可能构成克扣工资。
     
   • 劳动者救济：可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发加班费差额及赔偿金。
     

操作建议：

• 劳动者：保留工资条、劳动合同、考勤记录等证据，明确工资结构及缺勤性质，必要时通过法律途径维权。
  
• 用人单位：完善规章制度，明确工资构成及缺勤扣减规则，确保符合《劳动法》及《工资支付暂行规定》要求，避免法律风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的计算方式或法律风险。