在劳动合同有效期内，公司长时间拖欠工资导致员工申请劳动仲裁的，员工可以主张以下权益：
要求公司支付拖欠的工资：
- 这是最直接且核心的主张。根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。公司长时间拖欠工资，明显违反了这一规定，因此员工有权要求公司支付拖欠的全部工资。
要求公司支付经济补偿金：
- 在某些情况下，员工除了要求支付拖欠的工资外，还可以主张经济补偿金。特别是当公司拖欠工资的行为导致劳动合同解除（如员工因此提出辞职），且符合《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条规定的情形时，员工有权要求公司支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资标准来确定。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。例如，如果员工在公司工作了5年，月工资为8000元，则经济补偿金为5 × 8000 = 40000元。
要求公司支付赔偿金（如适用）：
- 如果公司拖欠工资的行为构成恶意拖欠或拒不支付劳动报酬，且情节严重，员工在提起劳动仲裁时，还可以考虑主张赔偿金。不过，这一主张通常需要满足一定的条件，如公司经劳动行政部门责令限期支付仍不支付等。赔偿金的数额通常会比经济补偿金更高，具体数额需根据实际情况和法律规定来确定。
要求确认劳动合同解除（如员工因此提出辞职）：
- 如果员工因为公司长时间拖欠工资而提出辞职，并在劳动仲裁中主张确认劳动合同已解除，这也是合理的。在确认劳动合同解除的同时，员工还可以要求公司出具解除劳动合同的证明，并办理相关手续，如社保转移等。
法律建议与后续行动：
- 收集证据：在提起劳动仲裁前，员工应尽可能收集与公司拖欠工资相关的证据，如工资条、银行转账记录、公司承认拖欠工资的书面材料等。这些证据将有助于支持员工的主张。
- 咨询专业律师：虽然我已经为你提供了基本的法律分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起劳动仲裁前，建议你咨询专业律师，以便更准确地评估你的权益和制定合适的维权策略。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面的法律帮助。
- 提起劳动仲裁：在收集好证据并咨询过律师后，你可以向当地的劳动仲裁委员会提起劳动仲裁申请。在申请中，你需要详细陈述公司拖欠工资的事实、你的主张以及相关的证据材料。
可能面临的法律后果：
- 如果劳动仲裁委员会支持你的主张，公司将被要求支付拖欠的工资、经济补偿金（如适用）以及可能的其他费用。如果公司拒不履行仲裁裁决，你还可以向法院申请强制执行。
- 如果劳动仲裁委员会未支持你的全部或部分主张，你仍有权向法院提起诉讼，以进一步维护自己的权益。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。