针对您提出的“员工打卡但是不上班是否可以开除”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：

一、公司规章制度的重要性

首先，公司是否有明确、合法且经过民主程序制定的考勤制度是关键。根据《劳动合同法》第四条，涉及劳动者权益的规章制度必须经民主程序制定并公示，否则可能被视为无效。如果公司自行发布的考勤制度未经职工代表大会讨论或工会协商，那么这一制度在法律上可能站不住脚。

二、解除劳动合同的合理性

即使公司有合法的考勤制度，也不能随意以“打卡但不上班”为由开除员工。法院在审理此类案件时，会审查未打卡的次数、持续时间以及员工的主观恶意程度。例如，如果员工只是偶尔忘记打卡，但事后能够补卡或提供其他证明其实际出勤的证据，那么直接开除可能显失公平。

三、证据链的完整性

公司要开除员工，必须提供完整的证据链来证明员工“明知故犯”。这包括但不限于：

1. 制度已有效送达员工的签收记录；
2. 未打卡当天的实际出勤情况（如监控录像、工作成果、同事证言等）；
3. 催告补卡或警告的流程文件。

如果公司仅凭电子打卡记录而无其他佐证，可能被认定为证据不足，从而无法支持其开除决定。

四、员工维权策略

如果员工认为自己被不公正地开除，可以采取以下维权策略：

1. 留存证据：保留劳动合同、考勤记录、工资条及公司通知等，证明自身无旷工故意；
2. 主张制度瑕疵：通过劳动仲裁申请确认公司规章制度无效；
3. 反诉赔偿：根据《劳动合同法》第八十七条，主张按经济补偿标准的二倍支付赔偿金（工作年限×月工资×2）。

五、用人单位合规管理建议

为了避免此类纠纷，用人单位应：

1. 制度设计：明确可豁免打卡的情形（如外出办公、系统故障），设置补卡宽限期；
2. 程序规范：通过职工大会表决考勤制度，向员工发放签字确认书；
3. 处理梯度：建立“提醒→书面警告→解除合同”的渐进式惩戒机制，避免直接开除。

综上所述，员工打卡但不上班是否可以开除，并非一个简单的判断。它取决于公司规章制度的合法性、解除劳动合同的合理性、证据链的完整性以及员工的具体情况。因此，在做出开除决定前，公司应谨慎评估并咨询专业法律意见。