关于员工上班不打卡是否可以扣工资的问题，这主要取决于用人单位的规章制度以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性前提
首先，用人单位必须制定了明确、合法且经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）和公示或告知劳动者（如在公司内部公告栏公示、组织员工培训等）的考勤制度。这样的制度才能作为扣钱的合法依据。
二、合法扣钱的情况
有合法制度依据：如果考勤制度中明确规定了未打卡视为旷工，并明确了扣除相应工资的比例，且该制度制定程序合法并已公示，那么按照此制度扣钱是合法的。但扣钱的金额应当合理，不能过分高于因未打卡可能给用人单位带来的损失，且扣除后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
员工未出勤或违反工作规定：如果员工未打卡是因为未出勤或违反了其他工作规定，用人单位有权根据考勤制度和绩效考核制度适度扣除部分绩效工资。但同样，扣除的工资不能超过员工当月工资的20%，且扣减后的工资不得低于当地月最低工资标准。
三、不合法扣钱的情况
缺乏制度依据或未经法定程序制定：如果用人单位没有制定相关考勤制度，或制度的制定没有经过民主程序和公示告知程序，那么扣钱行为就缺乏合法依据，是不合法的。
扣钱金额不合理或低于最低工资标准：如果扣钱金额过高，明显超出因未打卡可能造成的损失，或者扣除后工资低于最低工资标准，那么这种扣钱行为也是不合法的。
四、员工权益保护
如果公司无故扣减员工工资，员工有权向人社局的劳动监察大队举报投诉，要求查处。同时，员工也可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求支付被非法扣除的工资及赔偿金。在劳动关系终止的情况下，员工应自劳动关系终止之日起一年内提出劳动仲裁申请。
五、特殊情况处理
如果员工未打卡是因为非主观原因，如用人单位设备故障、工作安排导致无法按时打卡等，用人单位以此为由不支付工资是不合理且不合法的。此时，员工应与用人单位友好协商，要求其支付工资。若协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：
公司应当依法支付员工应得的工资，并遵守相关劳动法律法规。对于上班未打卡的情况，用人单位应有合法有效的规章制度作为依据，并确保扣钱行为符合法律法规的规定。员工也应了解自己的权益，遇到不公待遇时及时采取措施维护自身合法权益。