结论：在住建局超期未履职，申请复议后复议认定其已履职，若对此不服提起行政诉讼，被告应为作出复议决定的行政机关（即复议机关），但特定情况下也可能涉及原行政机关（住建局）。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的被告确定
复议机关改变原行政行为：若复议机关在复议过程中改变了住建局的原行政行为（例如，原本认定住建局未履职，复议后改为认定已履职），则根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款：“经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告；复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。”在此情况下，被告应为复议机关。
复议机关维持原行政行为（但本案有特殊性）：通常情况下，若复议机关维持了原行政行为，则作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告。然而，在您描述的情形中，复议机关并非简单地“维持”了一个已存在的、明确的行政行为，而是对住建局是否履职这一事实进行了重新认定，并得出了与原认定（若存在的话，即您认为的“超期未履职”）相反的结论。严格来说，这并非典型的“维持”原行政行为，而是对原事实状态的重新评价。但为全面分析，我们仍提及此点：在典型的维持情形下，原行政机关和复议机关为共同被告。不过，在您的案例中，更倾向于将复议机关视为改变了原“事实认定”（若将未履职的认定视为一种事实状态的话）的机关。
二、针对您案例的特殊分析
在您的案例中，关键在于复议机关对住建局是否履职的认定。由于复议机关已经作出了一个明确的认定（即住建局已履职），这实际上是对原“未履职”状态的否定或改变。因此，从实质上看，复议机关的行为更接近于“改变”了原行政行为（或原事实状态）的认定。所以，在提起行政诉讼时，被告应为复议机关。
三、可能的例外情况
复议机关的不作为：若复议机关在收到复议申请后，未在法定期限内作出任何决定，则申请人可以针对原行政行为（住建局的行为）提起行政诉讼，此时被告为原行政机关（住建局）。但您的案例中，复议机关已经作出了决定，所以此点不适用。
复议决定的合法性审查：在行政诉讼中，法院不仅会审查复议决定的结论（即住建局是否已履职），还会审查复议决定的合法性，包括复议程序是否合法、复议机关是否超越职权等。若复议决定存在违法情形，法院可能会撤销或变更复议决定。
四、建议
收集证据：在提起行政诉讼前，务必收集好所有相关证据，包括住建局未履职的证据、复议申请及复议决定的材料等。
明确诉讼请求：在起诉状中明确诉讼请求，例如请求法院撤销复议决定、确认住建局未履职等。
咨询专业律师：虽然我在此提供了法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起行政诉讼前，建议您咨询专业律师，以便更准确地把握案件走向和诉讼策略。不过，既然您已经向我咨询，我会尽力为您提供全面的法律帮助。
综上所述，在您描述的情形下，提起行政诉讼的被告一般应为复议机关。但具体案件还需根据实际情况和证据来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。