若行政诉讼因行政复议申请被驳回且已超期，可分以下情况处理：

1. 复议前置情形下的处理
   若案件属于法律明确规定的复议前置类型（如自然资源确权、纳税争议等），且复议机关以超过复议期限为由驳回申请，此时需重点审查复议期限的计算是否合法：

   • 期限计算错误：若复议机关未正确计算复议期限（如未扣除不可抗力天数、未考虑当事人不知权利被侵害等合理事由），可依据《行政复议法》第九条，通过行政诉讼起诉复议机关的不作为或驳回决定，要求法院撤销驳回决定并责令复议机关重新受理。
     
   • 期限合法但存在特殊情形：若复议期限确实已过，但当事人因不可抗力或其他正当理由耽误期限，可在障碍消除后向法院申请顺延期限，并提交证据证明耽误事由的合理性（如自然灾害、突发疾病等）。

2. 非复议前置情形下的处理
   若案件不属于复议前置类型，当事人可直接向法院提起行政诉讼，无需经过复议程序。此时需注意：

   • 起诉期限的计算：根据《行政诉讼法》第四十六条，直接起诉的期限为自知道或应当知道行政行为作出之日起6个月内。若复议被驳回后已超过该期限，但当事人此前未超过复议期限的，可主张复议期间不计入起诉期限（依据《行政诉讼法》第四十五条），以复议决定送达之日重新计算起诉期限。
     
   • 超过起诉期限的救济：若确实已超过起诉期限且无法定顺延事由，可尝试通过信访、行政申诉等非诉途径反映问题，或关注行政机关是否主动纠正错误（如自行撤销原行政行为），但此类途径不具有强制力。

3. 程序瑕疵的救济
   若复议机关在驳回决定中存在程序违法（如未依法送达、未告知救济权利等），可依据《行政复议法》第三十四条，向法院提起诉讼要求确认复议决定违法并撤销，从而恢复复议程序或直接进入诉讼程序。

关键建议：

• 立即收集证据（如复议申请材料、驳回决定书、邮寄凭证、不可抗力证明等），以证明期限计算错误或存在正当理由；
  
• 优先通过行政诉讼挑战复议决定的合法性，而非直接放弃救济；
  
• 若对程序适用或期限计算存在疑问，可进一步向我提供案件细节（如行政行为类型、复议机关名称、关键时间节点等），以便精准分析。