结论：厂里因员工有矛盾辞职而扣除3000元培训费是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，若培训费扣除无合法依据或超出法定范围，则不合法。以下从多个角度进行分析：
一、培训费扣除的合法性基础
劳动合同或规章制度约定：
- 如果劳动合同或厂里的规章制度中明确规定了培训费的扣除条件、范围和方式，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么厂里在员工辞职时扣除培训费可能是合法的。
- 但需注意：规章制度需经过民主程序制定，并向员工公示或告知，否则可能因程序违法而无效。
培训服务的实际提供：
- 厂里需证明确实为员工提供了专项培训服务，并且产生了相应的费用。如果厂里未能提供充分的证据证明培训服务的实际提供和费用支出，那么扣除培训费可能缺乏合法依据。
二、培训费扣除的限制
扣除金额的限制：
- 根据相关法律法规，即使劳动合同或规章制度中有关于培训费扣除的规定，扣除的金额也不得超过员工当月工资的20%，并且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式：若需计算合法扣除金额，可参考以下公式：
合法扣除金额 = 月工资 × 20%，且需确保月工资 - 合法扣除金额 ≥ 当地最低工资标准。
- 示例：假设员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，则合法扣除金额最多为1000元（5000元 × 20%），扣除后剩余工资为4000元，仍高于最低工资标准。若厂里扣除3000元，则明显超出法定范围。
扣除条件的限制：
- 培训费扣除通常与员工的服务期相关联。如果员工在服务期内辞职，厂里可能根据约定扣除部分或全部培训费。但如果员工已履行完服务期或厂里未约定服务期，则扣除培训费可能缺乏合法依据。
三、员工有矛盾辞职与培训费扣除的关系
- 员工因与厂里有矛盾而辞职，并不直接构成厂里扣除培训费的合法理由。除非劳动合同或规章制度中明确规定了因员工原因导致辞职时可扣除培训费，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定。
- 但需注意：即使劳动合同或规章制度中有此类规定，也需确保规定的合理性和合法性，避免因显失公平或违反法律法规而无效。
四、建议与行动
核查劳动合同和规章制度：
- 员工应仔细核查劳动合同和厂里的规章制度，了解其中关于培训费扣除的规定。
与厂里协商：
- 如果认为厂里扣除培训费不合法或不合理，员工可以与厂里进行协商，寻求妥善解决。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 在申请劳动仲裁过程中，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地了解自己的权利和义务，并制定合理的维权策略。
最后，如果员工在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。