住建局对小区业主在楼顶种菜的行为，一般不直接进行处罚，但会联合物业等部门要求业主整改，若拒不整改可能面临行政处罚或承担民事责任。具体分析如下：

1. 住建局的职责与处罚依据
   住建局作为房地产行业主管部门，主要职责包括监督物业管理活动、处理物业纠纷等。根据《物业管理条例》第四十五条，业主不得擅自占用、挖掘物业共用部位（如楼顶），否则物业服务企业有权制止，并向住建局报告。住建局本身不直接处罚业主，但会联合物业、城管等部门要求业主限期整改，恢复原状。

2. 拒不整改的法律后果
   若业主拒不整改，可能面临以下后果：

   • 行政处罚：根据《城乡规划法》第六十四条，若种菜行为涉及改变建筑结构或用途（如搭建棚架），住建局可联合城管部门责令限期拆除，并处以罚款（具体标准由地方规定）。
     
   • 民事责任：其他业主可依据《民法典》第二百八十六条，要求行为人停止侵害、排除妨碍，并赔偿因漏水、结构损坏等造成的损失。
     

3. 实务中的处理流程
   住建局通常按以下步骤处理：

   • 接到投诉后，联合物业现场核查，确认是否违反物业规定或规划；
     
   • 发出《整改通知书》，要求业主限期清理；
     
   • 若业主拒不执行，住建局可申请法院强制执行，或移交城管部门处罚。
     

建议：若您遇到此类问题，可先通过物业协调；若协调无果，可向住建局投诉，并保留漏水、结构损坏等证据，以便后续维权。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。