针对“楼顶违法种菜怎么处罚”的问题，首先我们要明确的是，楼顶属于物业公共区域，擅自占用楼顶进行种菜是违法的，因为这违反了《上海市住宅物业管理规定》等相关法律法规，具体条款指出业主、使用人禁止擅自改建、占用物业共用部分。接下来，我将从处罚流程、投诉途径以及可能的处罚措施三个方面进行详细解答。

处罚流程

1. 发现与告知：

   • 当发现楼顶有人私自种菜时，物业、居委会或业委会通常会首先张贴告知书，要求当事人尽快处理掉所种蔬菜。

2. 沟通与约谈：

   • 如果当事人未理睬告知书，相关部门（如城管部门）会多次约谈种菜业主，详述法律法规中的相关规定，并指出种菜可能带来的各种隐患，如臭味、蚊虫、水管堵塞、消防安全等。

3. 清理与处罚：

   • 在多次沟通无果后，相关部门会依法采取清理行动，如集中清除楼顶菜园内的砖土等物品，并对楼顶平台进行清洗、消毒。同时，根据具体情况，可能会对当事人进行罚款或其他行政处罚。

投诉途径

发现楼顶种菜行为，可以向以下部门投诉：

1. 物业管理部门：作为小区公共区域的管理者，物业有责任处理此类问题。
2. 城市管理综合行政执法部门（城管部门）：负责城市规划、市容环境卫生的监督管理，有权依法查处违法行为。
3. 社区居委会：作为基层群众自治组织，可以协调处理社区内的问题。
4. 房屋管理部门（住建局相关科室）：负责房屋建筑工程质量和物业行业的监管，可以处理楼顶种菜可能引发的房屋安全问题。

可能的处罚措施

1. 责令整改：要求当事人立即停止违法行为，并清理所种蔬菜及相关物品。
2. 罚款：根据违法行为的严重程度和当地法律法规的规定，可能会对当事人处以一定数额的罚款。
3. 其他行政处罚：如警告、没收违法所得等，具体根据当地法律法规和实际情况而定。

综上所述，楼顶违法种菜是一种违反法律法规的行为，相关部门会依法进行处罚。同时，我们也应该积极向相关部门投诉举报此类问题，共同维护小区的安全、整洁和和谐。