楼顶违规种菜可以通过法律程序处理。
首先，从法律角度来看，楼顶属于建筑物的共有部分，通常归全体业主共有，而非某一业主单独所有。因此，任何业主在楼顶进行活动，都应遵循相关法律法规和业主公约，不得损害其他业主的合法权益。
若某业主在楼顶违规种菜，可能涉及以下法律问题：
违反业主公约：大多数小区或建筑物都有业主公约，其中可能明确规定不得在楼顶进行种植等活动。若违规种菜，则违反了业主公约的约定，其他业主或物业管理公司有权要求违规者停止行为并恢复原状。
侵犯其他业主权益：楼顶违规种菜可能会对其他业主的权益造成侵害，如影响楼顶防水、造成安全隐患、影响美观等。在此情况下，受侵害的业主有权要求违规者承担相应的法律责任。
违反相关法律法规：在某些地区，可能存在关于建筑物共有部分使用和管理的具体法律法规。若违规种菜违反了这些法律法规，则违规者可能需要承担相应的法律责任，包括罚款、恢复原状等。
针对楼顶违规种菜的问题，可以通过以下法律程序进行处理：
协商：首先，可以尝试与违规者进行协商，要求其停止违规种菜行为并恢复原状。若协商成功，则问题得以解决。
投诉：若协商无果，可以向物业管理公司或相关政府部门进行投诉。物业管理公司或政府部门会进行调查，并根据实际情况采取相应的处理措施。
诉讼：若投诉仍无法解决问题，受侵害的业主可以选择向法院提起诉讼。法院会根据相关法律法规和事实情况，作出相应的判决，要求违规者停止行为、恢复原状并承担相应的法律责任。
综上所述，楼顶违规种菜可以通过法律程序进行处理。在处理过程中，应遵循相关法律法规和业主公约的规定，维护全体业主的合法权益。