在高层楼顶种菜想要合法，首先需要明确的是，高层住宅的楼顶平台通常属于物业公共区域，设计上具有防火避难等重要功能，因此不能随意被占用或改建。针对您提出的问题，以下是一些合法在高层楼顶种菜的建议及注意事项：
一、了解并遵守相关法律法规
查阅当地物业管理规定：不同地区对于物业公共区域的使用可能有不同的规定，您需要查阅并了解您所在地区的具体规定，确保您的种菜行为不违反相关法律法规。
遵守《中华人民共和国民法典》等相关法律：根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条规定，业主对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。这意味着，如果您想在楼顶种菜，需要得到其他业主的共同同意，并遵守共同管理的规定。
二、获取必要的许可和同意
与物业公司沟通：在种菜前，您需要与物业公司进行沟通，了解楼顶平台的使用规定，并表达您的种菜意愿。物业公司可能会要求您提交种菜方案，包括种植区域、种植作物种类、施肥方式等，以便进行评估和审批。
获得业主委员会或业主大会的同意：由于楼顶平台属于全体业主共有，因此您需要获得业主委员会或业主大会的同意。这通常需要通过投票表决的方式来实现，确保您的种菜行为得到大多数业主的支持。
三、确保种菜行为的安全性和合规性
不破坏楼顶结构：在种菜过程中，您需要确保不破坏楼顶的结构和防水层，避免引发水管堵塞、消防安全、楼下室内渗水等问题。
合理控制种植规模和作物种类：您需要合理控制种植规模和作物种类，避免超过建筑屋顶的荷载能力，同时选择不会产生过多异味和蚊虫的作物进行种植。
保持环境整洁：您需要定期清理种植区域，保持环境整洁，避免杂物堆积和污水横流，影响其他业主的正常生活。
四、建立定期巡查和维护机制
与物业公司合作：您可以与物业公司合作，建立定期巡查和维护机制，确保种植区域的安全和整洁。
及时处理问题：如果在巡查过程中发现问题，如作物病虫害、结构损坏等，您需要及时处理，避免问题扩大化。
五、考虑替代方案
如果由于各种原因无法在楼顶合法种菜，您可以考虑其他替代方案，如在阳台或室内种植小型植物，或者参与社区花园等公共种植项目。
总之，在高层楼顶种菜需要遵守相关法律法规和物业管理规定，获得必要的许可和同意，并确保种菜行为的安全性和合规性。如果您无法满足这些条件，建议考虑其他替代方案。