在小区楼顶种菜是违反法律的。具体分析如下：

1. 违反《消防法》：

   • 根据《消防法》第二十八条，任何单位、个人不得占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口、消防车通道。楼顶作为公共紧急疏散通道的一部分，种菜活动可能阻碍紧急情况下的安全疏散。
   • 违反此规定，根据《消防法》第六十条第三款，可能面临五千元以上五万元以下罚款的处罚。

2. 违反《民法典》：

   • 根据《民法典》第二百八十六条，业主应当遵守法律法规以及管理规约。业主大会或者业主委员会，对任意弃置垃圾、排放污染物或者噪声、违反规定饲养动物、违章搭建、侵占通道、拒付物业费等损害他人合法权益的行为，有权依照法律法规以及管理规约，请求行为人停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失。
   • 楼顶属于全体业主共有，未经其他业主同意，在楼顶种菜侵犯了全体业主的共同利益，构成对他人合法权益的侵害。

3. 违反《物业管理条例》：

   • 该条例规定，业主应遵守管理规约，不得擅自改变物业使用性质或占用公共区域。在小区楼顶种菜改变了楼顶的使用性质，违反了物业管理条例的相关规定。

4. 其他潜在法律风险：

   • 增加楼顶承重荷载：楼顶承重有限，种植活动可能使楼顶达到荷载极限，导致结构损坏和安全风险。
   • 屋顶渗水风险：灌溉过程中大量使用水源可能导致屋顶渗水，影响顶层住户的正常生活。
   • 异味和环境影响：施肥过程中的气味会扩散到周围住户，影响居住环境，并可能吸引害虫进入楼宇。

综上所述，小区楼顶种菜不仅违反了《消防法》、《民法典》和《物业管理条例》等法律法规，还可能对小区的安全、环境和居民生活造成不良影响。因此，建议业主遵守相关法律法规和物业管理规定，不要在小区楼顶种菜。如果热爱园艺，可以选择在家中阳台、窗台等合法地方进行种植活动。