在商品房楼顶种菜是否合法，主要取决于是否经过了相关业主和物业的同意，以及是否符合相关法律法规和物业管理规定。未经允许擅自改变楼顶用途进行种植活动，通常会被视为违法行为。以下从不同角度进行详细分析：
一、不违法的情况
- 经过全体业主和物业同意：
- 若种菜行为已经获得了全体相关业主的一致同意，并且也取得了物业管理部门的许可，同时在种植过程中没有对建筑物的安全、小区的公共秩序和环境卫生等造成不良影响，那么这种情况下在商品房楼顶种菜是不违法的。
- 有些商品房在规划设计时可能已专门划出楼顶区域用于绿化种植，并在业主公约或物业管理规定中明确说明。若业主按照这些规定在指定区域内合理种植，同样不违法。
二、违法的情况及法律依据
违反《物业管理条例》：
- 根据《物业管理条例》第四十九条，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得改变用途。楼顶作为共用设施，擅自用于种植违反了此规定。
- 同时，《物业管理条例》第五十条也指出，业主和物业服务企业不得擅自占用物业管理区域内的场地，损害业主共同利益。楼顶种菜若未获全体业主同意，即构成对共同利益的侵害。
违反《中华人民共和国民法典》：
- 《中华人民共和国民法典》第二百七十四条规定，建筑区划内的绿地属于业主共有（除非明示属于个人）。楼顶虽非传统绿地，但作为小区一部分，其使用权归全体业主共有。擅自改变用途种菜，侵犯了其他业主的权利。
- 此外，《中华人民共和国民法典》第二百七十一条也明确了业主对建筑物专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。未经全体业主或业主大会许可，擅自改变楼顶用途是违法的。
侵犯其他业主权益与安全隐患：
- 楼顶种菜若影响其他业主正常使用或生活（如异味、蚊虫等问题），则侵犯了他们的合法权益，可能引发相邻权纠纷。
- 种菜过程中的地面改造（如挖土、堆放重物）若操作不当，可能破坏楼顶防水层、承重结构等，对建筑物安全构成威胁。根据相关法律法规，业主应遵守规定使用建筑物，不得危及安全。否则，需承担相应责任。
三、违法行为的后果
- 对于违反规定在楼顶种菜的行为，物业管理公司或业主委员会有权制止并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。
- 若违规业主拒不改正，物业管理公司或业主委员会可向相关部门投诉或提起诉讼以维护全体业主的合法权益。
四、建议
- 事先征得同意：如果确实有意在楼顶进行绿化或种植活动，应先征得全体相关业主的同意，并办理相关手续以确保合法合规。
- 遵守物业管理规定：在种植过程中，应遵守物业管理规定，不得对建筑物的安全、小区的公共秩序和环境卫生等造成不良影响。
- 注意安全隐患：在种植过程中，应注意避免对楼顶防水层、承重结构等造成破坏，确保建筑物安全。
综上所述，商品房楼顶种菜需谨慎对待。在大多数情况下，未经全体业主或业主大会同意擅自在楼顶种菜是违法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。