结论：楼顶种菜被人破坏时动手，是否违法需视具体情况而定，可能涉及正当防卫、防卫过当或故意伤害等法律问题。

分析如下：

1. 正当防卫的情况：

   • 如果对方在破坏你楼顶种的菜时，存在对你人身安全的直接威胁，比如对方持凶器、有暴力行为等，你为了保护自己的人身安全而动手，且动手的程度在必要限度内，那么你的行为可能构成正当防卫。根据《中华人民共和国刑法》第二十条的规定，正当防卫不负刑事责任。但需要注意的是，正当防卫必须针对正在进行的不法侵害，且防卫行为必须适度，不能超过必要的限度。

2. 防卫过当的情况：

   • 如果对方虽然破坏了你的菜，但并未对你的人身安全构成直接威胁，或者你动手的程度明显超过了必要的限度，比如对方只是徒手破坏，你却使用了凶器或者造成了对方重伤等严重后果，那么你的行为可能构成防卫过当。防卫过当应当负刑事责任，但是应当减轻或者免除处罚。

3. 故意伤害的情况：

   • 如果对方破坏你的菜的行为并未对你构成任何威胁，你出于报复、泄愤等目的而动手伤害对方，那么你的行为可能构成故意伤害。故意伤害他人身体的，根据伤害程度的不同，可能面临不同的刑事处罚，包括拘役、有期徒刑等。

法律建议：

• 在遇到类似情况时，首先应保持冷静，尽量避免直接动手。如果对方的行为确实过分，可以尝试通过沟通、报警等方式来解决问题。
• 如果确实需要动手防卫，务必确保自己的防卫行为在必要限度内，避免造成不必要的伤害。
• 如果已经动手并造成了对方伤害，应立即停止行为，并主动向对方道歉、赔偿等，以减轻可能的法律责任。同时，也可以考虑咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。

可能后果：

• 如果构成正当防卫，则无需承担刑事责任；
• 如果构成防卫过当，则可能面临减轻或免除处罚的情况；
• 如果构成故意伤害，则可能面临拘役、有期徒刑等刑事处罚，以及民事赔偿等法律责任。

总之，楼顶种菜被人破坏时动手是否违法，需根据具体情况来判断。在遇到类似情况时，务必保持冷静、理性处理，并咨询专业律师以获取更准确的法律建议。