针对业主在楼顶种菜的问题，这是一个涉及公共区域使用、物业管理以及法律法规的综合性问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，高层住宅的楼顶平台通常属于物业公共区域，设计上具有防火避难等重要功能。因此，业主在楼顶种菜可能构成对公共区域的擅自占用，这不仅违反了物业管理规定，还可能带来一系列的安全隐患。
安全隐患方面：
结构安全：楼顶种菜需要堆放大量泥土和种植容器，这可能超过建筑屋顶的荷载能力，对楼顶结构造成损害，甚至引发安全事故。
消防安全：楼顶作为防火避难场所，种菜可能阻碍消防通道，影响紧急情况下的疏散和救援。
卫生问题：种菜施肥可能产生臭味，吸引蚊虫，对周边居民的生活环境造成影响。
水管堵塞：种植过程中的泥土和杂物可能堵塞楼顶排水系统，导致雨水无法顺利排出，进而可能引发楼下室内渗水等问题。
法律法规方面：
根据《上海市住宅物业管理规定》等相关法律法规，业主、使用人应当遵守国家和本市的规定以及临时管理规约、管理规约，按照房屋安全使用规定使用物业。禁止擅自改建、占用物业共用部分。因此，业主在楼顶种菜的行为是违法的。
处理建议：
沟通协商：首先，物业或业委会可以与种菜业主进行沟通，告知其行为的违法性和可能带来的安全隐患，劝导其自行清理。
张贴告知书：如果沟通无果，物业或业委会可以在楼顶显眼位置张贴告知书，明确告知业主尽快处理掉所种蔬菜，并说明相关法律法规和可能面临的处罚。
上报执法部门：如果业主仍然不理睬，物业或业委会可以向当地综合行政执法队或相关部门上报，请求执法部门介入处理。执法部门会详述法律法规中的相关规定，并将种菜施肥带来的危害以及可能引发的安全隐患进行说明，最终要求业主自行清理或采取强制措施。
建立巡查机制：为了防止类似问题再次发生，物业应建立定期巡查小区楼顶的机制，一旦发现占用公共部位的行为，立即制止并上报相关部门处置。
综上所述，业主在楼顶种菜的行为是违法的，且可能带来一系列的安全隐患。物业和相关部门应积极采取措施，通过沟通协商、张贴告知书、上报执法部门以及建立巡查机制等方式，共同维护好社区的安全和秩序。