针对小区屋顶被私人占用种菜的问题，物业可以按照以下步骤进行处理，以确保问题得到妥善解决，同时维护小区的公共利益和绿化环境：

一、明确问题性质与处理依据

首先，物业需要查看并确认小区的相关管理规定、业主公约，以及《物业管理条例》和《物权法》等法律法规。这些文件通常会明确规定小区公共区域（包括屋顶）的使用、管理、保护及违规行为的处理方式，为处理此类问题提供明确的法律依据。

二、沟通与协商

1. 与行为人沟通：

   • 物业发现屋顶被私人占用种菜后，应首先尝试与行为人进行友好沟通。
   • 解释相关法律法规和管理规定，指出其行为的不当之处，如违反了小区管理规定、侵害了其他业主的公共利益等。
   • 要求其停止侵占屋顶区域、恢复原状，并告知其可能面临的法律后果。

2. 向物业反映（若由业主发现）：

   • 若个人沟通无果，或业主发现此类问题，应及时向物业管理部门报告。
   • 物业作为小区的管理服务机构，有责任对违规行为进行调查核实，并出面与行为人进行沟通劝阻。

三、书面通知与整改

如果沟通协商未能解决问题，物业应向违规的业主或行为人发出书面的整改通知。通知内容应包括：

• 明确指出其行为的违法违规之处，如违反了《物业管理条例》或《物权法》的相关规定。
• 要求其在规定的期限内（如7天或15天）自行清除菜苗、恢复屋顶原状。
• 告知逾期不整改可能面临的法律后果，如罚款、诉讼等。

四、向相关部门投诉

若行为人仍拒不整改，物业可采取以下措施：

1. 向城管部门投诉：

   • 根据《城市绿化条例》等相关法律法规，私自占用小区公共区域（包括屋顶）种菜属于破坏城市绿化的行为。
   • 物业可以向当地城管部门投诉，城管部门有权对违法行为进行查处，责令行为人限期改正，并可根据情节轻重处以罚款。

2. 向街道办事处或社区居委会求助：

   • 街道办事处和社区居委会对辖区内的小区事务有管理和协调职责。
   • 他们可以介入调解，组织相关方进行协商，推动问题的解决。

五、法律诉讼

若上述措施均无法解决问题，业主委员会可作为原告，以维护全体业主的公共利益为由，向人民法院提起诉讼。诉讼要求可能包括：

• 要求行为人停止侵害、排除妨碍、恢复原状。
• 赔偿因破坏屋顶区域给小区造成的损失，如修复费用、绿化损失等。

受影响的单个业主也可以提起相邻权诉讼，要求行为人消除影响、赔偿损失。

六、预防与管理

为预防类似情况的再次发生，物业应加强对小区公共区域的巡查和管理力度。具体措施可能包括：

• 定期巡查屋顶等公共区域，及时发现并处理违规行为。
• 加强宣传和教育，提高业主对公共区域保护的意识和责任感。
• 设立举报机制，鼓励业主积极举报违规行为。

综上所述，处理小区屋顶被私人占用种菜的问题需要综合考虑法律规定、实际情况和人际关系等多方面因素。物业应遵循合法、合理、公正的原则，通过沟通、协商、书面通知、投诉、诉讼等多种手段，确保问题得到妥善解决。