城管处罚小区楼顶种菜的依据是《上海市住宅物业管理规定》第五十六条。以下是详细分析：

一. 法律依据明确

• 《上海市住宅物业管理规定》第五十六条规定：业主、使用人应当遵守国家和本市的规定以及临时管理规约、管理规约，按照房屋安全使用规定使用物业。该条款明确规定了业主和使用人在使用物业时应遵守的相关规定。

二. 违规行为分析

• 1. 擅自占用物业共用部分：小区楼顶属于物业公共区域，设计上具有防火避难功能。在楼顶种菜，用砖块搭起菜池，堆放了大量泥土，这明显属于擅自占用物业共用部分的行为。
• 2. 带来的潜在危害：种菜施肥可能带来的臭味、蚊虫等危害，以及可能会引发的水管堵塞、消防安全、楼下室内渗水、超过建筑屋顶荷载等隐患，这些都是违反物业使用规定的行为。

三. 处罚的合理性

• 根据《上海市住宅物业管理规定》第五十六条，禁止擅自改建、占用物业共用部分。因此，城管队员对在楼顶种菜的业主进行处罚，要求其清理种植的蔬菜，是符合法律法规的。

四. 后续管理措施

• 城管队员还指导物业工作人员建立定期巡查小区楼顶的机制，一旦发现占用公共部位的行为，立即制止并上报中队处置。这也是为了确保小区楼顶等公共区域不被擅自占用，保障小区居民的安全和权益。

我建议，小区居民应遵守相关法律法规和物业管理规定，不擅自占用物业共用部分，共同维护小区的安全和整洁。如有进一步需要，您可以继续咨询我。