事业单位职工违纪违法处理的办理主体需根据具体情况判断，可能由单位自行处理，也可能由主管局处理，或两者共同参与。具体分析如下：
单位自主处理权限
根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第六条，事业单位对职工的违纪违法行为具有直接处分权。若违纪行为情节较轻（如迟到早退、轻微工作失误等），或属于单位内部管理范畴（如违反考勤制度、财务制度等），通常由单位人事部门或纪检监察部门依据内部规章制度调查处理，处分种类包括警告、记过、降低岗位等级、撤职、开除等。
主管局介入的情形
若违纪违法行为情节严重（如贪污受贿、滥用职权造成重大损失等），或涉及单位领导班子成员，或单位自身调查存在利益冲突（如涉及单位负责人），则需由主管局（如教育局、卫健委等）牵头处理。主管局可直接立案调查，或要求单位配合调查，最终处分决定可能由主管局作出，或经主管局审核后由单位执行。
联合处理机制
对于复杂案件（如涉及多个部门、跨单位违纪等），可能启动联合调查机制，由主管局、单位、纪检监察机关共同参与，处分决定需经多方协商后作出。此外，若违纪行为涉嫌犯罪，单位或主管局需将案件移送司法机关，同时可依据《事业单位工作人员处分暂行规定》先行作出政务处分。
建议：若职工对处理主体或程序存疑，可要求单位或主管局出具书面依据（如处分决定书、调查报告等），并核对是否符合《事业单位工作人员处分暂行规定》及单位内部规章制度。如有争议，可依法申请复核或申诉。具体操作可进一步向我咨询。