事业单位职工违法违纪案件的办理流程是一个严谨且系统的过程，旨在确保处理的公正性和合理性。以下是根据您提供的参考信息整理出的详细流程：

一、初步调查与立案

1. 初步调查：当事业单位发现或接到举报有工作人员存在违法违纪行为时，会进行初步调查。这一步骤主要是为了确认是否存在需要进一步查证的违规违纪事实。

2. 立案决定：如果初步调查后认为有必要进一步查证，事业单位或事业单位主管部门会按照干部人事管理权限，经事业单位负责人批准或有关部门同意后，正式立案调查。

二、深入调查与证据收集

1. 深入调查：立案后，会对被调查的事业单位工作人员的违法违纪行为进行更为深入的调查，以收集、查证相关证据材料。

2. 形成书面调查报告：调查结束后，会整理并形成书面调查报告，详细记录调查过程、发现的事实以及收集的证据。

三、告知与申辩

1. 告知事实及依据：将调查认定的事实及拟给予处分的依据告知被调查的事业单位工作人员，确保其知情权。

2. 听取陈述与申辩：被调查人员有权进行陈述和申辩，调查机关需对其提出的事实、理由和证据进行复核，并记录在案。如果被调查人员提出的事实、理由和证据成立，应予采信。

四、处分决定

1. 作出处分决定：根据调查情况和复核结果，按照处分决定权限，作出对该事业单位工作人员给予处分、免予处分或者撤销案件的决定。

2. 印发处分决定：处分决定单位会正式印发处分决定，明确处分的种类、受处分的期间和依据等。

五、通知与宣布

1. 书面通知：将处分决定以书面形式通知受处分事业单位工作人员本人和有关单位。

2. 宣布处分：在一定范围内宣布处分决定，以确保信息的公开透明。

六、存档与执行

1. 存档处分决定：将处分决定存入受处分事业单位工作人员的档案，作为个人历史记录的一部分。

2. 执行处分决定：根据处分决定，办理岗位、职员等级、工资及其他有关待遇等的变更手续。对于受到开除处分的，事业单位还需及时办理档案和社会保险关系转移手续。

七、其他注意事项

• 办案期限：给予事业单位工作人员处分，应当自批准立案之日起六个月内作出决定。案情复杂或遇有其他特殊情形的可以延长，但办案期限最长不得超过十二个月。
• 回避制度：参与事业单位工作人员案件调查、处理的人员应当回避的，需执行相关规定。
• 处分解除：受开除以外的处分，在受处分期间有悔改表现，并且没有再出现违规违纪违法情形的，处分期满后自动解除处分。解除后，相关待遇按照国家有关规定执行。

整个流程体现了事业单位对职工违法违纪行为的严肃处理态度，同时也保障了被调查人员的合法权益。