事业单位工作人员违规办理手续，其处理方式主要取决于违规的严重程度以及单位的内部规章制度。一般来说，处理流程可能包括以下几个步骤：

首先，对违规行为进行初步调查。这通常由单位的人事部门或者监察部门负责，他们会收集相关证据，对涉事人员进行询问，并了解整个事件的经过。

其次，根据调查结果，单位会依据内部规章制度或者相关法律法规，对涉事人员做出相应的处理决定。处理方式可能包括警告、记过、降级、撤职、开除等，具体取决于违规的严重程度。

在处理过程中，涉事人员有权进行陈述和申辩。如果他们对处理决定不服，可以按照相关规定提出申诉或者申请复核。

此外，如果违规行为涉及到法律责任，例如贪污、受贿等违法行为，单位还可能会将案件移交给司法机关进行处理。

总的来说，事业单位对工作人员违规办理手续的处理是一个严肃而复杂的过程，需要遵循公正、公平、合法的原则，确保处理结果的公正性和权威性。同时，单位也应该加强内部管理，完善规章制度，提高工作人员的纪律意识和法律意识，从源头上预防和减少违规行为的发生。

请注意，以上内容仅供参考，具体处理方式可能因单位、地区或具体情况而有所不同。如果您是相关当事人或需要更详细的信息，建议咨询所在单位的人事部门或法律专业人士。