结论：企业有多个环境违法行为时，是分别立案还是合并立案，需根据具体情况判断，主要考虑违法行为的性质、关联性、发生时间及地点等因素。

分析说明：

1. 违法行为的性质与关联性：

   • 若多个环境违法行为之间存在直接关联，如同一污染源导致的多种污染物超标排放，或同一违法行为在不同时间点的持续发生，这些行为通常被视为同一违法事实的不同表现，倾向于合并立案。
   • 若多个环境违法行为相互独立，无直接关联，如企业同时存在废水超标排放和固体废物非法处置两种完全不同的违法行为，则应分别立案。

2. 违法行为的发生时间与地点：

   • 若多个违法行为在同一时间、同一地点发生，且性质相近，合并立案有助于全面调查事实，提高执法效率。
   • 若违法行为发生在不同时间或地点，即使性质相似，也可能因调查难度、证据收集等因素而分别立案。

3. 法律条款与执法实践：

   • 根据《中华人民共和国环境保护法》及相关环境法律法规，对于环境违法行为的立案，并未明确规定必须分别立案或合并立案，而是赋予了执法机关一定的裁量权。
   • 执法实践中，通常会根据违法行为的严重程度、社会影响、调查难度等因素综合考虑，决定是否合并立案。

法律建议：

• 企业角度：企业应严格遵守环境法律法规，避免发生环境违法行为。若已发生多个违法行为，应积极配合执法机关的调查，如实提供证据，争取从轻或减轻处罚。
• 执法机关角度：在决定是否合并立案时，应充分考虑违法行为的性质、关联性、发生时间与地点等因素，确保立案决定的合法性与合理性。同时，应提高执法效率，确保环境违法行为得到及时、有效的查处。

可能后果：

• 若合并立案，可能面临更重的处罚，因为合并立案通常意味着违法行为的性质更严重、社会影响更大。但合并立案也有助于企业一次性解决多个违法问题，避免重复调查与处罚。
• 若分别立案，企业可能面临多次调查与处罚，增加企业的法律风险与成本。但分别立案也有助于执法机关更精确地查明事实，确保处罚的公正性与合理性。

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