当企业违法后被合并，其刑事责任的追究是一个严谨且明确的过程，不会因为企业的合并而免除。以下是对这一问题的详细解答：

一、基本原则与法律依据

企业作为单位犯罪的主体，其刑事责任具有相对独立性。根据我国《刑法》第三十条的规定，公司、企业等实施的危害社会行为，若法律规定为单位犯罪，则应负刑事责任。这一原则确保了企业犯罪不会因其组织形式的变更（如合并）而逃避法律制裁。同时，《刑法》第三十一条也明确指出，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。

二、责任承担主体

1. 原犯罪企业：尽管企业已被合并，但原犯罪企业在法律上仍是承担刑事责任的基础主体。其犯罪事实不会因合并而改变，且需作为追究刑事责任的核心环节。

2. 合并后的企业：基于权利义务承继的原则，合并后的企业需要承接原犯罪企业的相关法律责任，包括刑事责任。这意味着，合并后的企业在接收原企业资产、业务的同时，也应承担相应的法律负担。

三、追究方式与处罚措施

1. 刑事诉讼程序：司法机关在发现企业犯罪行为后，即使企业已被合并，仍会按照刑事诉讼程序进行侦查、起诉和审判。起诉书将明确犯罪事实、罪名及法律依据，审判机关则依据法律和事实进行审理并作出判决。

2. 处罚执行：

   • 单位罚金：若被认定构成单位犯罪，通常会对单位判处罚金。由于原犯罪企业已被合并，罚金将从合并后企业的财产中追缴。
   • 个人刑事责任：原企业中直接负责的主管人员和其他直接责任人员仍需依据刑法规定追究个人刑事责任。他们可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚，具体取决于犯罪的性质和情节。

3. 司法实践中的考虑因素：

   • 资产转移：司法机关会关注原犯罪企业在合并过程中的资产转移情况，以防止恶意转移以逃避刑事责任。
   • 业务延续性：原犯罪企业的业务在合并后是否继续存在及延续方式，也是判断合并后企业责任的重要因素。如果合并后的企业继续从事原犯罪企业的业务，那么其承担的责任可能会更大。

四、实际操作中的注意事项

在处理企业犯罪后被合并的案件时，应全面调查原犯罪企业的犯罪事实，确保证据充分。同时，需要准确界定原企业犯罪行为与合并后企业的关联性，以及责任的具体范围。在诉讼过程中，对被告单位应列原犯罪企业名称，并注明已被并入新的企业，以确保法律文书的准确性和严肃性。此外，对被告单位所判处的罚金数额，应以其并入新的企业的财产及收益为限，确保处罚的执行性。

综上所述，企业犯罪后被合并，其刑事责任并不会因此免除。合并后的企业需要承接原犯罪企业的相关法律责任，并依法接受处罚。这一过程遵循明确的法律原则和程序，确保了法律的公正性和权威性。