针对您提出的“企业犯罪后被合并应当如何”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、企业犯罪后被合并，刑事责任并不免除

企业作为单位犯罪的主体，其刑事责任具有相对独立性。这意味着，即使企业因合并等组织形式变更，其之前所犯的罪行并不会因此消失或免除。合并后的企业需要承接原犯罪企业的相关法律责任，这是基于权利义务承继的原则。

二、责任承担主体明确

1. 原犯罪企业：在法律上，原犯罪企业仍是承担刑事责任的基础主体。其犯罪事实是客观存在的，不会因合并而改变，因此必须作为追究刑事责任的核心环节。

2. 合并后的企业：合并后的企业，在接收原企业资产、业务的同时，也应承担相应的法律负担，包括刑事责任。这是基于企业合并的法律效果，即合并后的企业继承原企业的权利和义务。

三、追究方式与处罚措施具体

1. 刑事诉讼程序：司法机关在发现企业犯罪行为后，会按照刑事诉讼程序进行侦查、起诉和审判。即使企业已被合并，这一程序也不会受到影响。起诉书将明确犯罪事实、罪名及法律依据，审判机关则依据法律和事实进行审理并作出判决。

2. 处罚执行：

   • 单位罚金：若被认定构成单位犯罪，通常会对单位判处罚金。由于原犯罪企业已被合并，罚金将从合并后企业的财产中追缴。
   • 个人刑事责任：原企业中直接负责的主管人员和其他直接责任人员，仍需依据刑法规定追究个人刑事责任。他们可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚，具体取决于犯罪的性质和情节。

3. 司法实践中的考虑因素：

   • 资产转移：司法机关会关注原犯罪企业在合并过程中的资产转移情况，以防止恶意转移以逃避刑事责任。
   • 业务延续性：原犯罪企业的业务在合并后是否继续存在及延续方式，也是判断合并后企业责任的重要因素。如果业务继续存在且与原犯罪行为有直接关联，那么合并后的企业可能需要承担更重的责任。

四、特殊情形与处理

在司法实践中，还存在一些特殊情形需要特别处理。例如，如果个人为违法犯罪活动设立的公司，那么该公司不以单位犯罪论处，而是按个人犯罪处理。另外，如果盗用单位名义实施犯罪的个人，也需按自然人犯罪定罪处罚。这些特殊情形的处理，需要依据最高人民法院的相关答复和司法解释进行。

五、实际操作指导

在处理企业犯罪后被合并的案件时，应全面调查原犯罪企业的犯罪事实，确保证据充分。同时，要准确界定原企业犯罪行为与合并后企业的关联性，以及责任的具体范围。在诉讼过程中，对被告单位应列原犯罪企业名称，并注明已被并入新的企业，以确保法律文书的准确性和严肃性。对被告单位所判处的罚金数额，应以其并入新的企业的财产及收益为限，确保处罚的执行性。

综上所述，企业犯罪后被合并，其刑事责任追究需遵循明确的法律原则和程序。在司法实践中，应充分考虑各种因素，确保法律的公正性和权威性，同时确保处罚的合理性和执行的有效性。