在公司合并后确定被处罚主体的问题上，我们需要综合考虑多个法律因素和具体情形。以下是对此问题的详细解答：

一、总体原则

首先，要明确的是，公司合并后，其权利和义务通常由合并后的公司享有和承担。这是基于《中华人民共和国民法典》第六十七条的规定，即法人合并时，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。因此，在大多数情况下，合并前的公司如果存在违法行为，处罚主体将是合并后的公司。

二、具体情形分析

1. 合并完成且办理相关手续：

   • 如果公司合并程序已经完成，被合并的公司已经注销，合并后的公司已经变更或新设登记，那么合并前的公司违法行为，处罚主体就是合并后的公司。

2. 合并协议签订但未办理工商登记：

   • 在这种情况下，如果被合并的公司已经由合并方实际控制和经营，那么可以将合并方列为处罚主体。
   • 如果被合并的公司仍由原管理层经营，那么暂以被合并的公司为处罚主体，待合并程序完成后变更。

3. 吸收合并与新设合并：

   • 吸收合并：一个公司吸收其他公司，被吸收的公司解散，由吸收公司作为处罚主体。
   • 新设合并：两个以上公司合并成立新公司，原公司解散，由新公司作为处罚主体。

4. 特殊情形：

   • 如果被合并的公司未办理注销登记但丧失实际经营能力，虽然名义上仍具有法人资格，但无法独立承担民事责任。此时，可以将合并方列为共同被告承担责任。

三、实际应用指导

在确定公司合并后的处罚主体时，应首先审查合并方式、法人资格变化及权利义务承继情况。具体来说，可以采取以下步骤：

1. 查阅合并协议和相关文件：了解合并的具体方式、时间、以及权利义务的承继情况。
2. 查询工商登记资料：确认被合并的公司是否已经注销，合并后的公司是否已经变更或新设登记。
3. 考虑实际经营情况：如果被合并的公司仍由原管理层经营，或者合并方尚未实际控制被合并的公司，那么需要暂时保留被合并公司的处罚主体地位。
4. 咨询专业律师：由于公司合并后的处罚主体确定涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师以获取更准确的指导。

四、示例说明

假设甲公司与乙公司合并成丙公司，若甲公司在合并前存在环保违规问题，那么根据法律规定，处罚主体将是合并后的丙公司。因为合并后，甲公司的权利和义务由丙公司享有和承担。

综上所述，公司合并后确定被处罚主体需要综合考虑合并方式、法人资格变化及权利义务承继情况等多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请务必咨询专业律师。