结论：企业在立案处理期间2次超标排放的行为，是否应分别处理还是算作一个违法行为，这主要取决于超标排放行为的具体情况、相关法律法规的规定以及执法部门的裁量。一般来说，如果两次超标排放行为是独立的、有各自的特点和情节，那么应当分别处理；如果两次行为紧密相关，难以分割，则可能被视为一个违法行为。以下是对此问题的详细分析：
一、分别处理的情况
行为独立性：
- 如果两次超标排放行为在时间、地点、排放物质、排放量等方面存在明显差异，且每次行为都能独立构成违法行为，那么执法部门通常会分别对每次行为进行调查和处理。
情节严重性：
- 如果两次超标排放行为的情节严重程度不同，例如一次是轻微超标，另一次是严重超标，那么执法部门可能会根据情节的严重性分别给予不同的处罚。
法律条款适用：
- 不同的超标排放行为可能适用不同的法律条款或处罚标准。例如，一次可能违反了大气污染防治法的某一条款，而另一次可能违反了水污染防治法的相关条款。在这种情况下，执法部门需要分别依据相关法律条款进行处理。
二、视为一个违法行为的情况
行为连续性：
- 如果两次超标排放行为在时间上紧密相连，且排放物质、排放量等方面相似，难以分割为两个独立的行为，那么执法部门可能会将其视为一个违法行为进行处理。
主观故意性：
- 如果企业存在主观故意，即明知排放会超标而仍然进行排放，且两次行为都是出于同一故意或目的，那么执法部门可能会将其视为一个连续的违法行为。
执法裁量权：
- 在某些情况下，执法部门可能会根据具体情况和执法裁量权，将两次超标排放行为视为一个违法行为进行处理。这通常发生在两次行为情节相似、难以分割，且分别处理会导致执法成本过高或不合理的情况下。
三、法律建议
合规经营：
- 企业应严格遵守相关环保法律法规，确保排放达标，避免超标排放行为的发生。
积极配合调查：
- 如果企业确实发生了超标排放行为，应积极配合执法部门的调查和处理工作，如实提供相关证据和信息。
寻求法律帮助：
- 如果企业对执法部门的处理决定有异议或需要法律帮助，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
后续思考依据：企业在面对超标排放等环保问题时，应充分了解相关法律法规和执法标准，确保合规经营。同时，在发生违法行为时，应积极配合执法部门的调查和处理工作，并寻求专业的法律帮助以维护自身合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。