结论：在合同约定仲裁的情况下，如果法院已经受理且被告未提出异议，法院并不当然具有管辖权。具体分析如下：

1. 仲裁协议的效力：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议具有排除法院管辖的效力。这意味着，一旦双方在合同中明确约定了仲裁条款，且该条款符合法定要求（如双方具有民事行为能力、意思表示真实、仲裁事项属于仲裁范围等），那么双方就应当通过仲裁方式解决争议，而非诉讼。

2. 被告未提出异议的情况：

   • 如果法院已经受理了案件，但被告在首次开庭前未对法院受理该案提出异议，这并不意味着法院就当然获得了管辖权。根据法律规定，被告应当在首次开庭前提交仲裁协议，并请求法院驳回起诉。如果被告未提出异议并参加了庭审，这可能被视为被告放弃了仲裁协议，接受了法院的管辖。但这一行为并不改变仲裁协议本身的效力，只是在特定情况下，被告的行为可能被视为对仲裁协议的放弃。
   • 然而，关键在于“首次开庭前”这一时间节点。如果被告在首次开庭前未提出异议，但法院在不知情的情况下继续审理，这并不构成法院当然获得管辖权的合法依据。理论上，被告仍可以在后续阶段提出异议，但实际操作中可能因已参与部分庭审而面临一定困难。不过，从严格法律意义上讲，法院的管辖权并非因此当然确立。

3. 法院应如何处理：

   • 法院在受理案件后，应当审查双方是否存在有效的仲裁协议。如果发现存在有效的仲裁协议，且被告在首次开庭前提出了异议，法院应当驳回起诉，并告知双方通过仲裁方式解决争议。
   • 如果被告未在首次开庭前提出异议，但法院在审理过程中发现了仲裁协议的存在，法院仍应当尊重仲裁协议的效力，并建议双方通过仲裁解决争议。当然，如果被告后续明确表示放弃仲裁协议，愿意接受法院管辖，那么法院可以继续审理。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于原告而言，在起诉前应当仔细审查合同中的仲裁条款，确保自己没有违反仲裁协议的规定。如果合同中存在仲裁条款，且希望通过诉讼方式解决争议，应当考虑与对方协商修改合同或达成新的协议，以排除仲裁条款的适用。
   • 对于被告而言，如果收到法院的起诉状副本后发现合同中存在仲裁条款，应当在首次开庭前及时向法院提出异议，并提交仲裁协议作为证据。这样可以有效维护自己的合法权益，避免不必要的诉讼成本和时间消耗。

总结与建议：在合同约定仲裁的情况下，法院并不当然具有管辖权。双方应当严格遵守仲裁协议的规定，通过仲裁方式解决争议。如果因特殊情况需要通过诉讼方式解决争议，应当确保不存在有效的仲裁协议或双方已达成新的协议排除仲裁条款的适用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。