工程款约定下浮25%在结算时是否合法，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同自由原则：

   • 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。这意味着，只要双方当事人在平等、自愿的基础上，就工程款的下浮比例达成一致，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这样的约定就是有效的。
   • 因此，如果合同中明确约定了工程款下浮25%，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么这样的约定在结算时就是合法的。

2. 公平原则与显失公平：

   • 虽然合同自由原则允许双方约定工程款的下浮比例，但这一约定也应当遵循公平原则。如果下浮比例过高，导致一方当事人承受过大的经济损失，而另一方则获得不合理的利益，那么这样的约定可能构成显失公平。
   • 在显失公平的情况下，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该约定。因此，如果工程款下浮25%被认定为显失公平，那么这样的约定在结算时就可能不被认可。

3. 行业惯例与市场情况：

   • 在建设工程领域，工程款的下浮比例往往受到行业惯例和市场情况的影响。如果双方约定的下浮比例符合行业惯例，并且没有超出市场合理范围，那么这样的约定在结算时就更有可能被认定为合法。
   • 反之，如果下浮比例明显偏离行业惯例和市场情况，那么这样的约定就可能引发争议，甚至被认定为不合法。

4. 具体合同条款与履行情况：

   • 除了上述原则性因素外，还需要考虑具体合同条款的约定以及合同的履行情况。例如，如果合同中除了约定工程款下浮比例外，还约定了其他与下浮比例相关的条款（如下浮比例的适用条件、调整机制等），那么这些条款也会影响下浮比例在结算时的合法性。
   • 此外，合同的履行情况（如工程进度、质量等）也可能对下浮比例的合法性产生影响。如果一方在合同履行过程中存在违约行为，那么另一方可能有权要求调整下浮比例或者拒绝按照原约定进行结算。

建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应当充分协商并明确约定工程款的下浮比例及其适用条件、调整机制等条款，以避免后续争议。
• 如果对工程款下浮比例的合法性存在疑问或者争议，建议及时咨询专业律师进行法律分析和风险评估。

如果你有具体的合同条款或者案件情况需要进一步分析，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。