结论：弹性工作制下是否有加班费，需根据具体的工时制度及工作实际情况来判断，不能一概而论。
一、不定时工作制下的加班费情况
通常无加班费：
- 如果企业实行的是经劳动行政部门审批的不定时工作制，那么劳动者在法定标准工作时间以外工作，通常情况下用人单位无需支付加班工资。这类工时制度适用于工作时间不固定、工作机动性大的岗位，如高级管理人员、外勤人员等。
- 法律依据：原劳动部《工资支付暂行规定》第十三条第四款明确规定了不定时工作制下不支付加班费的原则。
特殊规定例外：
- 部分地区如上海，对法定节假日安排不定时工作制员工工作的，可能要求支付加班费，具体标准按当地规定执行。例如，在法定节假日工作，可能需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。
二、综合计算工时工作制下的加班费情况
可能存在加班费：
- 在综合计算周期内，若劳动者实际工作时间总数超过法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间，应支付加班费。加班费标准为不低于劳动者本人小时工资标准的150%。若在法定节假日工作，加班费标准为不低于日或小时工资标准的300%。
- 举例：假设一个综合计算周期为一个月，法定标准工作时间为160小时。若劳动者在这个月内实际工作了180小时，那么超出的20小时应视为延长工作时间，需支付加班费。若这20小时中有8小时是在法定节假日工作的，那么这8小时应按照不低于日或小时工资标准的300%支付加班费，其余12小时则按照不低于小时工资标准的150%支付加班费。
法律依据：
- 原劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》及《工资支付暂行规定》均对综合计算工时工作制下的加班费支付有明确规定。
三、未经审批的弹性工作安排下的加班费情况
- 应支付加班费：
- 如果企业未经劳动行政部门审批就自行实行弹性工作安排，实际上仍应按照标准工时制来考量工作时间。在这种情况下，如果安排劳动者在正常工作时间以外加班而不支付加班费，则是违法的。
- 加班费标准：按照法律规定，平时延长工作时间的，需支付不低于工资150%的加班费；休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资200%的加班费；法定休假日安排工作的，支付不低于工资300%的加班费。
四、员工权益保护建议
了解工时制度：
- 劳动者应了解自己所在的岗位实行的是哪种工时制度，以及该制度下加班费的具体支付规定。
保留工作证据：
- 在弹性工作制下，劳动者应保留好相关的工作证据，如工作记录、加班通知等，以便在需要时证明自己的加班情况。
沟通协商：
- 如果劳动者怀疑自身权益受到侵害，即企业在弹性工作制度下未按规定支付加班费，可以首先与用人单位进行沟通，尝试协商解决。
投诉与仲裁：
- 若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，弹性工作制下是否有加班费需根据具体情况判断。关键在于企业实行的弹性工作制度是否符合法律规定以及对应的工时制度的要求。员工应了解自己的工时制度和加班权益，并在必要时采取相应措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。