弹性工作制下加班是否有加班费，需根据具体工时制度及加班情况来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、不定时工作制下的加班费情况
通常无加班费：
- 如果企业实行的是经劳动行政部门审批的不定时工作制，那么劳动者在法定标准工作时间以外工作，通常情况下用人单位无需支付加班工资。这类工时制度适用于工作时间不固定、工作机动性大的岗位，如高级管理人员、外勤人员等。
特殊规定例外：
- 尽管不定时工作制下一般无加班费，但部分地区如上海，对法定节假日安排不定时工作制员工工作的，可能要求支付加班费，具体标准按当地规定执行。例如，在法定节假日工作，可能需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。
二、综合计算工时工作制下的加班费情况
可能存在加班费：
- 在综合计算工时工作制下，以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。若劳动者在综合计算周期内实际工作时间总数超过法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间，应支付加班费。标准为不低于劳动者本人小时工资标准的150%。若在法定节假日工作，加班费标准为不低于日或小时工资标准的300%。
具体计算方式：
- 假设某员工实行以月为周期的综合计算工时工作制，月法定标准工作时间为166.64小时（20.83天×8小时）。若该员工某月实际工作了180小时，则超出部分为13.36小时，应支付加班费。加班费计算方式为：13.36小时×本人小时工资标准×150%。若该月包含法定节假日，且员工在节假日工作，则节假日工作的部分应按300%的标准支付加班费。
三、未经审批的弹性工作安排下的加班费情况
- 如果企业未经劳动行政部门审批就自行实行弹性工作安排，实际上仍应按照标准工时制来考量工作时间。在这种情况下，如果安排劳动者在正常工作时间以外加班而不支付加班费，则是违法的。按照法律规定，平时延长工作时间的，需支付不低于工资150%的加班费；休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资200%的加班费；法定休假日安排工作的，支付不低于工资300%的加班费。
四、员工权益保护建议
了解工时制度：
- 劳动者应了解自己所在岗位实行的工时制度，以及该制度下加班费支付的相关规定。
保留证据：
- 在加班时，劳动者应保留好相关证据，如加班通知、工作记录等，以便在需要时证明自己的加班情况。
沟通协商：
- 如果劳动者对加班费支付有疑问或不满，应首先与用人单位进行沟通协商，尝试解决问题。
寻求法律援助：
- 若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，弹性工作制下加班是否有加班费需根据具体情况判断。劳动者应了解自己的工时制度和加班权益，并在必要时采取相应措施维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。