结论：公司申报综合工时为202个小时，但实际安排超时加班高达240小时以上，这一行为是违法的。
法律背景与解释
综合工时制的定义与限制：
- 综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 根据《劳动法》及相关规定，即使采用综合工时制，企业也不能无限制地安排员工加班。加班时间应受到严格限制，以保障员工的休息权和健康权。
加班时间的限制：
- 一般情况下，员工每日加班不得超过3小时，每月加班不得超过36小时。这是法律对加班时间的明确限制，旨在防止企业过度剥削员工的劳动力。
- 在综合工时制下，虽然工作时间可以在一定周期内综合计算，但加班时间的累计仍应受到上述限制。即，在任何连续的工作周期内，员工的加班时间总和不得超过法定限制。
公司行为的违法性分析：
- 公司申报的综合工时为202个小时，这本身可能是一个周期内的总工作时间（包括正常工作时间和加班时间）。然而，实际安排超时加班高达240小时以上，这意味着加班时间远远超过了法定限制。
- 即使考虑到综合工时制的灵活性，公司也不能将加班时间安排到如此高的水平。这种行为不仅违反了《劳动法》关于加班时间的限制，也损害了员工的合法权益。
法律建议与后果
对公司的建议：
- 公司应立即调整加班安排，确保加班时间符合法定限制。
- 公司应加强与员工的沟通，解释综合工时制的具体规定和加班时间的限制，以避免误解和纠纷。
- 公司应建立健全的工时管理制度，确保员工的工时记录准确无误，并定期进行自查和整改。
对员工的建议：
- 员工应了解自己的合法权益，包括加班时间的限制和加班工资的支付等。
- 如果发现公司存在违法加班行为，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司被查实存在违法加班行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 公司还可能因违法加班行为而承担民事赔偿责任，如支付加班工资、经济补偿金等。
- 在严重情况下，公司及其相关责任人员还可能因违反劳动法律法规而承担刑事责任。
具体计算（若涉及加班工资等）
- 加班工资计算（以月加班为例）：
- 假设员工月工资为W元，正常工作时间工资为W/21.75（日工资）或W/174（小时工资，按每月21.75天，每天8小时计算）。
- 加班工资计算：工作日加班工资为小时工资的150%，休息日加班工资为小时工资的200%（若未安排补休），法定节假日加班工资为小时工资的300%。
- 具体公式：若以小时计算加班工资，且假设全部为工作日加班（实际情况可能更复杂，需区分加班类型）：
- 加班工资 = 加班小时数 × (W/174) × 150%
- 若加班240小时，则加班工资至少为 = 240 × (W/174) × 150% ≈ 2.07W（此计算仅为示例，实际需根据加班类型和具体工资结构调整）。
综上所述，公司申报综合工时为202个小时，但实际安排超时加班高达240小时以上，这一行为明显违法。公司应立即调整加班安排，确保符合法定限制，并加强与员工的沟通和管理。员工也应了解自己的合法权益，并在必要时采取法律手段维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。