加班超36小时填写加班申请是否违法，需结合具体情况判断，一般情况下是违法的，但在特定特殊情况下则可能合法。以下从不同角度进行分析：

一、一般情况下的加班规定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条的规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但延长的工作时间有严格限制：一般每日不得超过一小时；在特殊原因下，且需保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，每月累计不得超过三十六小时。因此，在常规情况下，如果加班时间超过每月36小时，即使填写了加班申请，也构成违反劳动法的行为。

对于用人单位的违法行为，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门将依法给予警告，责令限期改正，并可按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准处以罚款。

二、特殊情况下的加班豁免

然而，法律也考虑到了一些特殊情况，允许在这些情况下加班时间超过每月36小时的限制。根据《中华人民共和国劳动法》第四十二条的规定，以下情形不受上述加班时间的限制：

1. 紧急处理情况：发生自然灾害、事故或其他威胁劳动者生命健康和财产安全的情况，需要紧急处理的。例如，地震、洪水等自然灾害发生时，相关救援单位和人员需要加班加点进行抢险救灾工作。
2. 公共设施抢修：生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的。如城市供水管道破裂，维修人员需加班抢修以保障正常供水。
3. 其他法定情形：法律、行政法规规定的其他特殊情形，作为兜底条款以适应可能出现的其他紧急情况。

在上述特殊情况下，即使加班时间超过每月36小时，也不构成违法。但即便如此，用人单位仍需确保劳动者的身体健康和生命安全，并在事后给予合理的补偿和休息安排。

三、劳动者权益保护

面对可能的违法加班行为，劳动者应了解自己的合法权益，并采取必要措施进行保护。如果发现用人单位存在违法加班行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，为了维护自身权益，劳动者应妥善保留加班的准确记录，如考勤数据、工作通信记录等。

四、加班申请的法律意义

填写加班申请，是劳动者与用人单位之间就加班事宜进行协商和确认的一种方式。然而，加班申请本身并不能改变加班是否违法的事实。如果加班时间超过了法律规定的上限，即使填写了加班申请，也不能成为用人单位免责的理由。

总结：加班超36小时填写加班申请是否违法，需结合具体情况和法律规定来判断。在一般情况下，超时加班是违法的；但在特定的特殊情况下，如紧急处理、公共设施抢修等，超时加班可能不被视为违法。劳动者应充分了解自己的权益，并在必要时采取合法手段维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。