实际施工人若要证明发包人与转包人进行工程抵款是虚假意思表示，可从以下角度收集和提供证据，以证明双方并无真实的以物抵债意图：

1. 合同签订及履行情况

   • 合同条款的合理性：审查工程抵款协议的条款，看是否存在明显不合理之处。例如，抵款价格是否显著高于或低于市场同类工程或房产的价格。如果价格偏离正常范围过大，可能暗示双方并非真心以物抵债，而是有其他目的，如帮助转包人转移资产、逃避债务等。
   • 合同履行情况：关注发包人与转包人是否按照工程抵款协议的约定实际履行。如果协议签订后，双方并未积极办理房产过户手续（如果是以房抵债）、未交付相关工程成果或资料等，且没有合理的解释，这可能表明双方没有真正履行以物抵债协议的意愿，只是虚假的意思表示。

2. 资金往来证据

   • 工程款支付记录：收集发包人与转包人之间关于工程款的支付记录，包括银行转账凭证、发票等。如果在实际施工人施工期间及工程抵款协议签订前后，发包人仍然按照原合同约定向转包人支付工程款，或者存在其他异常的资金往来，与工程抵款协议所体现的以物抵债逻辑相矛盾，这可能说明工程抵款协议并非双方真实意思表示。
   • 资金流向关联性：调查发包人与转包人之间资金流向是否存在关联交易或循环转账等情况。例如，发包人支付给转包人的款项，转包人又通过其他渠道转回给发包人或其关联方，这种异常的资金流动可能暗示双方通过工程抵款协议来制造虚假的债务清偿假象。

3. 双方沟通记录

   • 书面沟通：查找发包人与转包人之间关于工程抵款的书面沟通记录，如邮件、信函、聊天记录等。在这些沟通内容中，如果双方提及工程抵款只是为了应对某些外部情况（如实际施工人追讨工程款、其他债权人催债等），而并非真正打算以物抵债，这些记录可以作为证明虚假意思表示的重要证据。
   • 口头沟通的证人证言：如果有知晓发包人与转包人关于工程抵款协商过程的第三方证人，如双方的工作人员、中间介绍人等，可以争取他们出庭作证，证明双方在协商过程中的真实意图并非以物抵债。

4. 项目实际运营情况

   • 工程进度与质量：考察工程的实际进度和质量情况。如果工程存在严重质量问题、进度严重滞后，且发包人对此并未按照正常程序追究转包人责任，而是急于签订工程抵款协议，这可能表明双方签订协议并非基于正常的工程结算和债务清偿目的，而是有其他不可告人的动机。
   • 项目利益关联：分析发包人与转包人在项目之外是否存在其他利益关联。例如，双方是否存在共同的股东、实际控制人，或者在其他项目上有合作关系等。如果存在这种利益关联，那么工程抵款协议可能是双方为了实现某种共同利益（如转移资产、规避税收等）而做出的虚假安排。

5. 其他相关证据

   • 审计报告或评估报告：如果可能，委托专业的审计机构或评估机构对发包人与转包人之间的财务状况、工程价值等进行审计或评估。通过专业的报告，可以发现双方在工程抵款过程中是否存在财务造假、价值高估或低估等行为，从而证明工程抵款协议的虚假性。
   • 类似案例参考：收集类似的实际施工人诉讼案例，特别是那些成功证明发包人与转包人工程抵款为虚假意思表示的案例。分析这些案例中的证据类型和证明方法，为自己的案件提供参考和借鉴。

在收集到上述相关证据后，实际施工人可以在诉讼过程中向法院提交，以证明发包人与转包人之间的工程抵款是虚假意思表示，从而维护自己的合法权益。同时，要注意证据的合法性、真实性和关联性，确保所提交的证据能够被法院采纳。