要证明发包人明知是实际施工人挂靠的，需要从多个方面综合收集证据，形成完整的证据链。以下是一些关键的证据类型和收集方法：
一、直接证据
合同磋商阶段的证据：
- 实际施工人参与合同磋商的记录，如短信、微信、邮件、电话录音等沟通记录。
- 证人证言，特别是合同磋商过程中的关键人员，如发包人的代表、实际施工人等，他们可以出庭作证，说明合同磋商的具体情况。
财务往来凭证：
- 实际施工人缴纳工程保证金的记录，包括银行转账记录、承兑汇票、收款收据等。
- 发包人直接向实际施工人支付工程款的记录，这也可能表明发包人明知挂靠关系。
二、间接证据
交易模式与项目执行情况：
- 分析发包人与被挂靠方之间的交易模式，如支付方式、发票开具等，寻找异常或不符合常规商业惯例的行为。
- 评估项目的工程质量、进度管理等实际情况，看是否与挂靠方的能力或行为模式相符。
以不同施工企业名义签订合同的证据：
- 如果实际施工人先后以不同施工企业名义与发包人签订协议，这可以作为发包人明知挂靠的间接证据。
现场管理与工程变更：
- 观察发包人在施工现场的管理行为，特别是其是否经常直接向实际施工人下达指令或提出要求。
- 注意工程变更和签证过程中参与各方的主体情况，以及签证文件内容是否涉及实际施工人的具体工作内容和责任范围。
三、证人证言
- 项目相关人员陈述：如项目经理、技术负责人、财务人员、现场代表、工程管理人员等，他们可能了解挂靠的具体情况，并能提供发包人是否知情的证言。
- 其他相关证人：如监理人员、供应商及分包商等，他们可能与发包人和实际施工人有业务往来，能提供他们所了解的挂靠情况。
四、公开信息与法律分析
- 公开信息查询：通过工商登记、税务记录等公开渠道查询被挂靠方的企业信息，看是否有与挂靠相关的公开记录。
- 法律分析与论证：结合相关法律法规和司法解释，分析挂靠行为的法律性质和后果，以及发包人在此类行为中的法律责任。
五、证据收集与提交
- 在收集证据时，务必确保所有证据的合法性、真实性和关联性。
- 将收集到的证据按逻辑顺序整理，并准备充分的口头陈述和书面材料，详细阐述观点和理由。
- 在适当的法律程序中（如诉讼、仲裁等），将证据提交给法庭或仲裁机构，并应对可能的质证和反驳。
综上所述，要证明发包人明知是实际施工人挂靠的，需要综合运用直接证据、间接证据、证人证言及公开信息，并结合法律分析和论证，构建出强有力的证据链。在整个过程中，务必遵循相关法律程序和规定，确保所有证据的合法性和有效性。