针对您提出的“员工不续签但在孕期、医疗期等法定保护期如何处理”的问题，这是一个涉及劳动法规定和员工权益保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动合同期满时，若员工处于孕期、产期、哺乳期或规定的医疗期内，劳动合同应当自动续延至相应的情形消失时终止。这是法律对特定员工群体的特殊保护，旨在确保他们在特殊时期内的劳动权益不受侵害。
一、孕期、产期、哺乳期的处理
劳动合同续延：对于孕期、产期、哺乳期的女职工，即使劳动合同期满，用人单位也不得终止合同，而应将合同续延至孕期、产期、哺乳期期满。这是法律的明确规定，用人单位必须遵守。
待遇保障：在续延期间，用人单位不得因女职工结婚、怀孕、生育、哺乳而降低其工资和福利待遇，也不得限制其晋职晋级、评奖、评定专业技术（职业技能）职称（资格），更不得予以辞退或解除劳动合同。
二、医疗期的处理
医疗期定义：医疗期是指劳动者因患病或非因工负伤停止工作、治病休息，用人单位不得因此解除劳动合同的法定时限。医疗期的长短与劳动者在本单位的工作年限直接挂钩，具体规定可参照相关法律法规。
劳动合同续延：在医疗期内，劳动合同期限依法自动顺延至医疗期结束。这意味着，即使劳动合同期满，用人单位也不能单方面终止合同，而需继续履行缴纳社会保险等相关义务。
员工义务：员工在医疗期内应按制度履行好请假手续，并保存好医院出具的病假证明，以便在需要时提供证明。
三、员工不续签的处理
员工意愿：虽然法律对特定员工群体有特殊保护，但员工本人仍有权选择不续签劳动合同。如果员工在孕期、产期、哺乳期或医疗期内明确表示不续签，用人单位应尊重其意愿，并按照法律规定办理相关手续。
协商处理：在员工不续签的情况下，用人单位可以与员工进行协商，了解其不续签的原因和需求，并尽量提供必要的帮助和支持。如果双方能够达成一致意见，可以签订书面协议明确双方的权利和义务。
法律合规：无论员工是否续签劳动合同，用人单位都应确保自己的行为符合法律法规的规定，避免因违法操作而引发劳动争议或法律风险。
综上所述，对于员工不续签但在孕期、医疗期等法定保护期的情况，用人单位应严格遵守法律法规的规定，确保员工的劳动权益不受侵害。同时，用人单位也应积极与员工进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。