在事业单位中，员工因特定疾病请假时，其工资是否会被扣除，主要取决于该疾病是否属于法定医疗期内的病假以及单位的具体规章制度，但通常来说，在法定医疗期内，员工因病请假是不应被扣工资的。以下是对此问题的详细分析：
一、法定医疗期内的病假
法定医疗期的定义：
- 法定医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，而用人单位不得解除劳动合同的时限。这个时限是根据员工的工作年限和在本单位的工作年限来确定的，具体规定在《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》中。
工资支付规定：
- 在法定医疗期内，员工因病请假，用人单位应按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资或疾病救济费。这意味着，在大多数情况下，员工在法定医疗期内因病请假，其工资是不会被全额扣除的，而是会按照一定比例支付。
- 特别地，如果员工因病或非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费。这是为了保障员工在患病或受伤期间的基本生活需求。
二、非法定医疗期内的病假
单位规章制度：
- 如果员工的病假超出了法定医疗期，或者员工所患疾病不属于法定医疗期内的疾病范围，那么工资是否扣除以及扣除多少，将取决于单位的具体规章制度。
- 事业单位通常会有自己的病假管理制度，明确规定病假的申请流程、审批权限、工资支付标准等。员工在请假前应仔细阅读并了解这些规定。
工资扣除情况：
- 在非法定医疗期内，如果单位规章制度规定病假期间工资全额或部分扣除，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位是有权按照规章制度执行工资扣除的。
- 但如果单位规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者未明确规定病假工资支付标准，那么员工有权要求单位按照法律法规的规定支付工资。
三、特殊疾病情况
- 对于某些特殊疾病，如癌症、精神病、瘫痪等，根据相关规定，员工在24个月内尚不能痊愈的，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。在延长医疗期内，员工同样享有病假工资或疾病救济费的支付待遇。
四、建议与注意事项
了解单位规章制度：
- 员工在请假前应仔细了解单位的病假管理制度，明确病假的申请流程、审批权限、工资支付标准等，以避免因不了解规定而产生不必要的纠纷。
保留相关证据：
- 员工在请假期间应保留好相关的医疗证明、请假条等证据，以备不时之需。如果单位无故扣除工资或拒绝支付病假工资，员工可以凭借这些证据向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
及时沟通协商：
- 如果员工对单位的病假管理制度或工资支付标准有疑问或不满，应及时与单位进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
总结来说，在事业单位中，员工因特定疾病请假时，其工资是否会被扣除主要取决于该疾病是否属于法定医疗期内的病假以及单位的具体规章制度。在法定医疗期内，员工因病请假通常是不应被扣工资的。如果员工对单位的病假管理制度或工资支付标准有疑问或不满，建议及时与单位进行沟通协商或寻求法律援助。如有更多疑问，可以直接向我咨询。