在签订劳动合同时约定最低基数，但实际发放工资更高的情况下，双方可以通过在合同中明确约定或签订补充协议的方式来规范这一行为。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同中的明确约定
基本工资与绩效工资分离：
- 在劳动合同中，可以明确约定基本工资为最低基数（如当地最低工资标准），同时约定绩效工资、奖金等额外收入部分。这样，即使基本工资较低，但加上绩效工资等，实际发放的工资总额可以高于最低基数。
- 示例：合同中约定“员工的基本工资为每月XXXX元（不低于当地最低工资标准），绩效工资根据员工的工作表现和公司规定发放，奖金根据公司盈利情况和员工贡献度发放”。
工资调整条款：
- 在合同中可以加入工资调整条款，明确在一定条件下（如公司业绩增长、员工晋升等），公司有权调整员工的工资水平。这样，即使初始工资较低，但未来有可能根据约定进行调整。
- 示例：合同中约定“公司有权根据经营状况和员工表现，每年对员工的工资进行一次调整，调整幅度由公司决定”。
二、签订补充协议
如果劳动合同已经签订，但双方希望在实际发放工资时高于合同约定的最低基数，可以签订补充协议来明确这一点。
补充协议的内容：
- 补充协议应明确双方同意在实际发放工资时，按照高于合同约定的最低基数的标准执行。
- 可以详细列出实际发放的工资构成，包括基本工资、绩效工资、奖金等，并明确各部分的金额或计算方式。
- 示例：补充协议中约定“双方同意，在实际发放工资时，员工的基本工资仍按合同约定的XXXX元执行，但公司每月将额外发放XXXX元作为绩效工资，使得员工实际每月领取的工资总额为XXXX元”。
补充协议的签订程序：
- 补充协议应经双方协商一致后签订，并确保双方各执一份。
- 补充协议与劳动合同具有同等法律效力，双方应严格遵守。
三、法律注意事项
遵守最低工资标准：
- 无论合同如何约定，公司发放给员工的工资都不得低于当地最低工资标准。这是法律的强制性规定，必须遵守。
避免偷逃税费：
- 在约定实际发放工资高于合同约定的最低基数时，应确保公司的财务和税务处理合规，避免偷逃税费等违法行为。
保留相关证据：
- 双方应保留好与工资发放相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、补充协议等，以备在发生纠纷时作为证据使用。
四、可能的风险及应对
员工离职时的经济补偿：
- 如果员工离职时，公司需要支付经济补偿，经济补偿的计算基数通常是员工离职前十二个月的平均工资。如果合同约定的工资较低，但实际发放的工资较高，应以实际发放的工资为准计算经济补偿。
- 应对：在签订补充协议时，可以明确约定经济补偿的计算基数以实际发放的工资为准，以避免未来可能产生的纠纷。
社保缴纳基数：
- 社保缴纳基数通常与员工的工资水平相关。如果合同约定的工资较低，但实际发放的工资较高，公司应按照实际发放的工资水平缴纳社保，以避免未来可能产生的社保纠纷。
- 应对：在签订补充协议时，可以明确约定社保缴纳基数以实际发放的工资为准，并确保公司的社保缴纳行为合规。
在实际操作中，建议双方根据具体情况协商确定工资发放方式，并在合同或补充协议中明确约定，以避免未来可能产生的纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。