该条款在一般情况下是有效的，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
条款有效性的一般情况
合同自由原则：
- 根据合同法的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同的内容，包括争议解决方式。因此，如果合同中明确约定了“只能起诉分公司不得起诉总公司”，这一条款在形式上并不违反法律的强制性规定，应当被视为有效。
相对性原则：
- 合同具有相对性，即合同条款仅对合同双方具有约束力。在此情况下，如果分公司作为合同的一方，与另一方（如客户或供应商）约定了争议解决方式，那么这一约定应当仅对双方产生约束力，而不涉及总公司。
条款可能无效的例外情形
分公司不具有独立法人资格：
- 如果分公司不具有独立的法人资格，其民事责任实际上由总公司承担。在这种情况下，即使合同中约定了只能起诉分公司，但根据法律规定，债权人仍有权向总公司主张权利。因此，这一条款在实质上可能无法完全阻止债权人起诉总公司。
- 法律依据：根据《公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”
条款违反法律强制性规定或公序良俗：
- 如果合同中的条款违反了法律的强制性规定或公序良俗，那么该条款将被视为无效。例如，如果条款的目的是为了逃避法律责任或损害第三方的合法权益，那么这样的条款将不受法律保护。
总公司存在过错或参与合同行为：
- 在某些情况下，总公司可能直接参与了合同行为或对分公司的行为存在过错。在这种情况下，即使合同中约定了只能起诉分公司，但债权人仍有权基于总公司的过错或参与行为向其主张权利。
法律建议
明确分公司法律地位：
- 在签订合同时，应明确分公司的法律地位和民事责任承担方式。如果分公司不具有独立法人资格，建议在合同中明确总公司的连带责任或担保责任，以保障债权人的权益。
谨慎约定争议解决方式：
- 在约定争议解决方式时，应充分考虑各种可能的情况和法律后果。避免约定过于绝对或片面的条款，以免在发生争议时无法有效维护自身权益。
寻求专业法律意见：
- 在签订涉及复杂法律关系的合同时，建议寻求专业律师的法律意见。律师可以根据具体情况和法律规定，为你提供合理的建议和风险防范措施。
总结来说，合同中约定“只能起诉分公司不得起诉总公司”的条款在一般情况下是有效的，但存在例外情形。在签订合同时，应充分考虑分公司的法律地位、民事责任承担方式以及争议解决方式的合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。