公司签订协议后，分公司起诉是否有效，需根据具体情况判断，主要取决于分公司是否具备诉讼主体资格以及协议的具体内容。以下从不同角度详细分析：
一、分公司诉讼主体资格
分公司作为原告起诉的条件：
- 分公司虽不具有独立的法人资格，但根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，分公司可以自己的名义从事民事活动，并在一定条件下作为原告提起诉讼。
- 分公司作为原告起诉时，通常需要提供其营业执照、负责人身份证明等文件，以证明其诉讼主体资格。
- 若分公司因业务需要签订协议，并在协议履行过程中发生纠纷，分公司有权以自己的名义提起诉讼，要求对方承担违约责任或赔偿损失。
分公司作为被告应诉的情况：
- 同样地，若分公司因签订协议而成为被告，其也有权以自己的名义应诉，并承担相应的法律责任。
- 但需注意，分公司的民事责任最终由总公司承担，即分公司若无法清偿债务，债权人可要求总公司承担清偿责任。
二、协议内容对分公司起诉有效性的影响
协议内容合法且明确：
- 若分公司签订的协议内容合法、明确，且双方意思表示真实，无欺诈、胁迫等情形，则该协议对双方具有法律约束力。
- 在此情况下，分公司作为协议的一方，有权依据协议内容提起诉讼，要求对方履行协议义务或承担违约责任。
协议内容存在瑕疵或违法：
- 若协议内容存在瑕疵，如条款不明确、存在歧义或违反法律法规的强制性规定等，则可能影响分公司的起诉有效性。
- 例如，若协议中约定了违法或违背公序良俗的内容，如限制一方的基本人身权利、损害国家或集体利益等，则该条款可能被认定无效，从而影响分公司的起诉依据。
三、实际操作中的建议
确保分公司具备诉讼主体资格：
- 在签订协议前，应确认分公司是否已依法设立并领取营业执照，以确保其具备诉讼主体资格。
- 若分公司尚未领取营业执照或存在其他影响诉讼主体资格的情形，建议由总公司直接签订协议或出具授权委托书，明确分公司的代理权限。
审查协议内容合法性：
- 在签订协议前，应仔细审查协议内容是否合法、明确，并符合双方的真实意愿。
- 若对协议内容存在疑问或不确定之处，建议咨询专业律师进行法律审查，以确保协议的有效性和可执行性。
保留相关证据：
- 在协议履行过程中，应妥善保留与协议相关的证据材料，如协议文本、履行凭证、沟通记录等。
- 这些证据材料在发生纠纷时将起到至关重要的作用，有助于证明分公司的诉讼请求和事实依据。
总结来说，公司签订协议后，分公司起诉是否有效需根据具体情况判断。若分公司具备诉讼主体资格且协议内容合法明确，则分公司有权提起诉讼并要求对方承担相应责任。若存在瑕疵或违法情形，则可能影响起诉的有效性。因此，在签订协议前应仔细审查并咨询专业律师的意见，以确保协议的有效性和可执行性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。