首先，我们要明确一点：分公司以总公司名义签订协议，但在法律上承担责任时，通常要看具体的情况来确定是由分公司还是总公司来承担，或者两者共同承担。针对这种情况的起诉，以下是一些具体的步骤和建议：

1. 确定起诉对象：

   • 如果分公司有独立的法人资格（即依法独立承担民事责任），那么可以直接起诉分公司。
   • 如果分公司没有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担，那么应该起诉总公司。
   • 在某些情况下，如果分公司和总公司均参与了协议签订或履行，并且都有过错，那么可以将两者作为共同被告一起起诉。

2. 收集证据材料：

   • 收集分公司以总公司名义签订的协议原件或复印件，确保协议内容真实、有效。
   • 收集与协议履行相关的证据，如交货单、付款凭证、对账单等，以证明对方存在违约行为。
   • 如果可能，收集分公司和总公司之间的关联证据，如股权关系证明、内部文件等，以证明两者之间的关联关系。

3. 撰写起诉状：

   • 根据收集到的证据材料，撰写详细的起诉状，明确诉讼请求和事实理由。
   • 在起诉状中，要明确指出被告是分公司还是总公司，或者两者都是，并阐述具体的违约行为和损害结果。

4. 提交起诉材料：

   • 将起诉状及相关证据材料提交到有管辖权的人民法院。
   • 根据法院的要求，可能需要提供其他补充材料或进行诉前调解等程序。

5. 参与诉讼过程：

   • 在法院受理案件后，积极参与诉讼过程，包括出庭应诉、质证、辩论等。
   • 如有需要，可以聘请专业律师进行代理，以更好地维护自己的合法权益。

综上所述，起诉分公司以总公司名义签订协议的情况需要综合考虑多个因素，并根据具体情况采取相应的法律措施。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。