基层卫生院将医生的绩效与收入挂钩是否违法，需分情况讨论：
若绩效工资的设定基于合理的工作量和质量考核，且符合相关法律法规及劳动合同约定，则不违法。
- 法律依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，基层卫生院在合法合规的前提下，可以设定绩效工资制度，以激励医生提高工作效率和服务质量。
- 合理设定：如果卫生院设定的绩效工资制度是基于医生的工作量、工作质量、患者满意度等合理指标进行考核，并且这些指标与医生的收入直接相关，同时符合劳动合同中的约定，那么这种做法是合法的。例如，医生完成一定数量的门诊或手术，或者达到一定的患者满意度评分，可以获得相应的绩效奖励。
若绩效工资的设定仅以收入为唯一或主要考核标准，且可能损害医生合法权益或违反法律法规，则可能违法。
- 违法情形：如果卫生院将医生的绩效工资完全或主要与收入挂钩，而不考虑医生的工作量、工作质量、患者安全等其他重要因素，这种做法可能违反相关法律法规。例如，要求医生通过过度医疗、不合理用药等手段增加收入，以获取绩效奖励，这不仅损害了患者的利益，也违反了医疗伦理和法律法规。
- 法律后果：如果卫生院的绩效工资制度违反了法律法规或劳动合同约定，医生有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求卫生院纠正违法行为并支付应得的工资和福利。
建议与注意事项：
- 审查劳动合同：医生应仔细审查与卫生院签订的劳动合同，了解其中关于工资和绩效的约定。如果合同中有明确规定绩效工资的设定方式和考核标准，医生应按照合同约定履行义务并享受权利。
- 关注法律法规：医生应关注国家和地方关于劳动工资、医疗伦理等方面的法律法规，了解自己的合法权益和义务。如果发现卫生院的绩效工资制度存在违法行为或不合理之处，应及时向相关部门反映或寻求法律援助。
- 合理沟通：如果医生对卫生院的绩效工资制度有疑问或不满，可以与卫生院进行合理沟通，提出自己的意见和建议。通过协商和沟通，双方可以达成共识并改进绩效工资制度，使其更加合理和公平。
总结：基层卫生院将医生的绩效与收入挂钩是否违法，取决于绩效工资的设定是否合理、合法，并符合劳动合同的约定。医生应仔细审查合同、关注法律法规，并在必要时与卫生院进行合理沟通或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。