结论：用人单位在明知员工学历不被国家承认的情况下仍与其签订劳动合同，这一行为本身并不直接构成违法，但可能引发一系列法律问题和风险，具体取决于多种因素。
分析角度一：劳动合同的效力
学历真实性对合同效力的影响：
- 劳动合同的效力主要取决于双方是否具备签订合同的主体资格、意思表示是否真实、合同内容是否合法等。学历的真实性虽然不是劳动合同效力的唯一决定因素，但如果学历是用人单位招聘条件之一，且员工通过虚假学历获得职位，这可能影响合同的公平性和诚实信用原则。
- 在这种情况下，如果用人单位发现员工学历造假，可以依据《劳动合同法》的相关规定，以员工欺诈为由解除劳动合同，并可能无需支付经济补偿。
用人单位的知情权：
- 如果用人单位在签订合同时已经知道员工学历不被国家承认，但仍然选择签订合同，这可能被视为用人单位对员工学历状况的接受和认可。在这种情况下，用人单位后续再以学历问题为由解除合同或主张其他权利，可能会受到一定的限制。
分析角度二：用人单位的法律责任
招聘过程中的责任：
- 用人单位在招聘过程中有义务对员工的学历等基本信息进行核实。如果用人单位未尽到合理的核实义务，导致签订了基于虚假学历的劳动合同，用人单位可能需要承担一定的管理责任。
- 然而，这种责任通常不是直接的违法责任，而是可能涉及内部管理不善或疏忽的问题。
合同履行过程中的责任：
- 在合同履行过程中，如果员工因学历问题无法胜任工作或造成其他损失，用人单位可能需要根据具体情况承担相应的责任。但这同样不是因为用人单位“知道学历不被承认”这一行为本身违法，而是因为员工无法履行合同义务或造成损失的结果。
分析角度三：潜在的法律风险
劳动争议风险：
- 如果用人单位以学历问题为由解除劳动合同或采取其他不利措施，员工可能会提起劳动争议仲裁或诉讼。在这种情况下，用人单位需要证明其解除合同的合法性，包括证明员工存在欺诈行为、用人单位已尽到核实义务等。
声誉风险：
- 用人单位在明知员工学历不被承认的情况下仍与其签订合同，可能引发公众对用人单位诚信和管理能力的质疑，从而对用人单位的声誉造成负面影响。
建议：
- 用人单位：在招聘过程中应严格核实员工的学历等基本信息，确保签订合同的合法性和公平性。如果发现员工学历造假，应及时采取措施，如解除合同或要求员工承担相应责任。
- 员工：应如实提供个人信息和学历证明，避免通过虚假学历获得职位。如果因学历问题引发劳动争议，应积极配合调查和处理，并寻求法律援助以维护自身权益。
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