核心结论：加班少了三分钟，加班费的计算需结合具体加班时长计算规则及地方规定综合判断，通常有以下两种处理方式：

1. 按实际加班时长计算（多数情况适用）
   根据《劳动法》第四十四条，加班费以“实际加班时间”为基数计算。若公司采用精确到分钟的考勤制度，且地方性法规未对最短加班时长作限制（如未规定“加班需满30分钟才计费”），则少的三分钟应计入加班时间，按约定加班费标准（平日1.5倍、休息日2倍、法定假日3倍工资）折算。
   示例：若员工时薪为50元，加班3分钟（即0.05小时），则加班费为50×1.5×0.05=3.75元。

2. 按单位规定的最低加班时长计算（需符合地方规定）
   部分公司会在规章制度中设定“最短加班时长”（如“每次加班不少于30分钟”），若地方性法规允许此类规定（如《江苏省工资支付条例》第二十条明确“用人单位安排劳动者加班，应当按照不低于本人工资的百分之一百五十支付加点工资，加班时间不足半小时的按半小时计算”），则可能按单位规定的最低时长计费；但若地方规定禁止此类条款（如《深圳市员工工资支付条例》第十八条要求“按实际加班时间计算”），则单位规定无效，仍需按实际时间计费。
   关键点：单位规章制度需经民主程序制定并公示，且不得违反地方强制性规定，否则对员工不生效。

建议行动：

• 优先查看劳动合同、公司规章制度中关于“加班时长计算”的条款；
  
• 查询所在省份/市的工资支付条例（如广东、江苏等地有具体规定）；
  
• 若公司拒付或少付，可保留考勤记录、加班审批单等证据，向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如所在地区、公司具体规定），可补充说明，我会为您细化分析。