在违法工程中约定的管理费，通常会被依法没收，且没收方式及法律后果需根据具体情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 管理费没收的法律依据与性质
   根据《民法典》第153条及《建筑法》相关规定，违法工程（如未取得施工许可、无资质施工、转包/违法分包等）中签订的合同因违反法律强制性规定而无效。其中约定的“管理费”若属于违法所得（如通过非法转包、挂靠等手段获取的收益），司法实践中通常认定为应没收范围。例如，最高人民法院在（2019）最高法民终1549号判决中明确：违法分包合同中约定的管理费，因合同无效且损害公共利益，应由行政机关或法院依法收缴。

2. 没收主体与程序

   • 行政没收：若管理费涉及违反《建筑法》《招标投标法》等行政法规，住建部门可依据《行政处罚法》第28条，通过行政处罚程序直接收缴违法所得。
     
   • 司法没收：在民事诉讼中，法院可依据《民法典》第157条，在判决合同无效的同时，直接裁定收缴管理费至国库。例如，若承包人通过挂靠协议收取管理费，法院可能判决“挂靠协议无效，管理费予以收缴”。

3. 管理费没收的例外情形

   • 实际投入成本：若收取方能证明管理费包含实际管理成本（如现场协调、质量监督等），且未通过违法手段获利，法院可能酌情返还部分费用。但需严格举证，实践中认定标准较高。
     
   • 已履行部分义务：若违法分包人或转包人已实际完成部分工程，法院可能参考行业惯例，按合理比例扣减管理费后返还剩余部分，但剩余部分仍可能被认定为违法所得而收缴。

4. 实务建议

   • 对发包方：签订工程合同时，务必审查承包人资质，避免因违法分包导致管理费被没收，甚至承担连带责任。
     
   • 对承包方：若已参与违法工程，应主动向行政机关坦白并退还管理费，争取从轻处理；若被起诉，可重点举证管理费的实际成本，争取减少没收金额。
     
   • 争议解决：若对没收决定不服，可在收到行政处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；若为法院判决，可在15日内上诉。

总结：违法工程中的管理费因合同无效而丧失合法性基础，通常会被没收，但具体金额需结合实际投入、过错程度等因素综合判定。建议涉及此类纠纷时，及时固定证据（如合同、付款记录、管理成本凭证等），并咨询专业律师制定应对策略。