结论前置：企业发现员工假学历入编且经公司审核通过入职多年后，是否会辞退该员工并非绝对，而是需根据具体情况和法律规定综合判断。若学历造假严重影响劳动合同履行或违反公司明确规定，企业有权解除劳动合同；若学历造假未对实际工作产生实质性影响，且员工表现良好，企业解除劳动合同可能面临法律风险。
一、法律原则与依据
《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条：明确规定了以欺诈手段订立的劳动合同无效。学历造假属于此类欺诈行为，因此，从法律原则上讲，企业有权基于该条款主张劳动合同无效。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：规定了因欺诈导致合同无效的，用人单位可以解除劳动合同。这为企业解除因学历造假而订立的劳动合同提供了直接法律依据。
诚实信用原则：是劳动合同履行应遵循的基本原则。学历造假违背了这一原则，损害了企业的信任基础，因此，企业有权基于诚信原则对造假员工进行处理。
二、法院判决的考量因素
在司法实践中，法院在判断企业是否有权解除因学历造假而订立的劳动合同时，会综合考虑以下因素：
学历造假的影响：
- 若学历造假直接影响员工的工作岗位要求或能力评估，且企业对此有明确要求，法院倾向于支持企业解除劳动合同。
- 若学历造假并未实质影响员工的工作表现或能力，且已入职多年，法院可能认为造假行为对合同履行无实质性影响，从而不支持企业解除劳动合同。
员工的工作表现及能力：
- 员工在入职后通过实际工作证明了自己的能力，即使存在学历造假，也可能成为法院不支持企业解除劳动合同的理由。
- 长期的工作贡献和良好表现，可能减轻学历造假带来的负面影响。
企业规章制度与招聘条件：
- 企业规章制度中明确将学历造假列为严重违规行为，且在招聘时对学历有明确要求，法院更可能支持企业解除劳动合同。
- 若企业规章制度无相关规定，或招聘时学历非关键录用条件，法院可能不支持企业解除劳动合同。
特殊保护情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，员工处于孕期、产期、哺乳期等特殊保护期时，即使存在学历造假，企业也不得随意解除劳动合同。
三、实际操作建议
企业角度：
- 在发现学历造假后，企业应首先评估造假行为对劳动合同实际履行的影响，并综合考虑员工的工作表现、能力以及是否存在特殊保护情况等因素。
- 在做出决定前，建议企业咨询专业法律意见，确保决策符合法律法规，避免潜在的法律风险。
- 完善企业规章制度，明确学历等招聘条件的要求，以及违规行为的处理措施，为可能的法律纠纷提供明确的依据。
员工角度：
- 若员工确实存在学历造假行为，应主动与企业沟通，说明情况，并尝试通过其他方式证明自己的工作能力和价值。
- 若企业决定解除劳动合同，员工可以依法维护自己的合法权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
四、相关案例与分析
- 在某些案例中，法院支持了企业因员工学历造假而解除劳动合同的决定，特别是当学历与岗位要求密切相关，且员工明知学历要求的情况下。
- 在另一些案例中，法院考虑到员工虽然学历造假，但工作表现出色，且造假行为未对企业造成实质性损害，因此不支持企业解除劳动合同的决定。
总结：企业发现员工假学历入编且经公司审核通过入职多年后，是否会辞退该员工需根据具体情况和法律规定综合判断。作为员工，应遵守诚信原则，如实提供个人信息；作为企业，应完善规章制度，依法处理员工违规行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。