结论：在两自然人签订施工合同而后成立公司的情况下，应告谁需根据具体情况判断，可能涉及原签订合同的自然人、新成立的公司，或两者共同作为被告。

详细分析：

1. 合同相对性原则：

   • 一般情况下，合同具有相对性，即合同的权利义务仅约束合同双方当事人。因此，如果两自然人在签订施工合同时，尚未成立公司，那么合同双方应为这两个自然人。在此情况下，若发生纠纷，原则上应起诉这两个自然人。

2. 公司成立后的责任承担：

   • 如果在合同签订后，这两个自然人成立了公司，并且该施工合同的内容与公司业务相关，那么需要考虑公司是否承接了原合同的权利义务。
   • 如果公司明确表示承接原合同，或者通过实际行为（如继续履行合同、接受对方履行等）表明承接了原合同，那么公司可能成为合同的一方，从而在纠纷中作为被告。
   • 此外，如果公司成立后，原自然人以公司名义继续履行合同，或者将合同权利义务转让给公司，且对方同意的，公司也应承担相应的合同责任。

3. 混合责任情况：

   • 在某些情况下，可能存在原自然人与公司共同承担责任的情况。例如，如果原自然人在合同签订和履行过程中存在过错，且公司成立后也参与了合同的履行或接受了合同带来的利益，那么两者可能共同作为被告。
   • 另外，如果原自然人在公司成立过程中存在欺诈、恶意串通等行为，损害对方利益的，也可能需要与新成立的公司共同承担责任。

4. 法律建议：

   • 在发生纠纷时，首先应仔细审查合同内容，确定合同双方以及合同的权利义务。
   • 其次，调查公司成立的过程以及公司是否承接了原合同的权利义务。
   • 最后，根据具体情况确定被告，并准备相应的证据材料以支持自己的主张。

可能后果：

• 如果仅起诉原签订合同的自然人，而公司确实承接了合同权利义务，则可能因遗漏被告而导致诉讼风险。
• 如果同时起诉原自然人和公司，但公司并未承接合同权利义务，则可能因被告不适格而面临诉讼障碍。

进一步思考：

• 在签订合同时，应明确合同双方以及合同的权利义务，避免后续产生纠纷。
• 在公司成立后，应及时处理原自然人签订的与公司业务相关的合同，明确合同权利义务的承接情况。
• 在发生纠纷时，应及时咨询专业律师，以便准确判断被告并准备相应的证据材料。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。