结论：超市因查获三瓶刚到期饮料被罚款5000元是否违规，需结合具体法律条款和执法程序综合判断，可能存在两种情况：1. 若符合法定处罚标准且程序合法，则不违规；2. 若存在处罚幅度不当或程序违法，则可能违规。

1. 法定处罚依据与幅度

根据《食品安全法》第三十四条第十项及第一百二十四条，销售超过保质期的食品属于违法行为，处罚标准为：

• 货值金额不足1万元的：处5万元以上10万元以下罚款；
• 货值金额1万元以上的：处货值金额10倍以上20倍以下罚款。

关键点：

• 法律未对“少量过期食品”设置减免条款，但实践中可能结合《行政处罚法》第三十二条（从轻、减轻处罚情形）调整幅度。
  
• 三瓶饮料的货值金额通常较低（假设每瓶5元，总货值15元），若严格按法律条文，罚款5000元远低于法定最低限（5万元），看似不合理。但需注意：
  
  • 若超市存在其他违法行为（如多次销售过期食品、拒不整改等），可能被认定为“情节严重”，从而突破最低限；
    
  • 地方性法规或规章可能对小额违法行为设定补充处罚规则（如按瓶数罚款），需核查当地具体规定。

2. 执法程序合法性

即使处罚幅度合理，若程序违法，仍可能构成违规。需重点核查：

• 证据固定：执法部门是否通过拍照、录像、扣押等方式固定过期饮料的证据；
  
• 告知权利：是否向超市出具《行政处罚事先告知书》，告知陈述、申辩权；
  
• 听证程序：若罚款金额超过3000元（部分地区标准），是否告知听证权利；
  
• 文书规范：《行政处罚决定书》是否载明违法事实、法律依据、处罚内容及救济途径。

示例：若执法部门未留存过期饮料作为证据，或未告知超市申辩权，则程序违法，罚款决定可能被撤销。

3. 实务中的常见处理方式

实践中，对少量过期食品的处罚可能存在“柔性执法”空间：

• 首违不罚：若超市首次违法且情节轻微（如未造成危害后果），可能依据《行政处罚法》第三十三条免于处罚；
  
• 减轻处罚：若超市主动召回、销毁过期食品，或配合调查，可能被降低罚款幅度（如罚1000-2000元）；
  
• 协商整改：部分地区市场监管部门会先责令整改，逾期未改再处罚。

建议：

1. 核查当地对小额过期食品处罚的具体规定（如地方性法规、自由裁量基准）；
   
2. 要求执法部门出具完整的处罚文书，重点审查法律依据和程序合规性；
   
3. 若认为处罚不当，可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

如有进一步细节（如货值金额、当地规定、执法程序等），可提供更多信息以便更精准分析。